Lisbon ve ekibi Sacramento’da bir alışveriş merkezindeki cinayeti Jane sayesinde çabucak çözer. Ancak olay çözülürken oldukça fazla hasar olması CBI başkanını çok kızdırır. Red John davasını Lisbon ve ekibinden alıp, Bosco’nun ekibine verir. Red John davasından alınması Jane için karar verme nedeni olmuştur. Lisbon’la devam edecek mi yoksa ayrılacak mı? Son bir davada daha ekibe yardım etmeye karar verir. Bir taraftan da Bosco’ya yakınlaşıp Red John davasıyla ilgili gelişmelerden haberdar olmak ister. Ama Bosco buna asla izin vermeyeceğini belirtir. Jane’in yeni planlar yapması gerekecektir. 

Kaliforniya eyalet senatör yardımcısının ölümünü CBI soruşturmaya başlar. Patrick Jane ayrı bir araştırma yapar, zira kurbanın senatörün ailesinden biriyle bir ilişki yaşadığından şüphelenmektedir.

Ajan Lisbon’un geçmişte yakaladığı azılı bir çocuk tacizcisi öldürülür. Kanıtlar Lisbon’u işaret eder. Fakat olay gecesiyle ilgili Lisbon hiçbir şeyi hatırlayamaz.

CBI ekibi, bir avukatın ölümüyle ilgili bilgi toplayabilmek için tehlikeli bir motosiklet çetesini soruşturmaya başlar. Söz konusu kurban çeteyi temsil ediyordu!

Yakın zamanda aldığı konakta ölü bulunan bir mimarla ilgili yapılan soruşturmada evin lanetlendiği ve gizli bir hazinenin olduğu söylentileri dolaşmaktadır. Ayrıca ilk ev sahibinin kızgın mirasçılarının varlığı da iddia edilmektedir.

CBI ekibi bir arazi davası ile ilgili işlenen cinayeti soruşturmaya başlar. Red John ile ilgili bilgi toplamak için Sam Bosco’yu gizlice takip eden Jane hapse girer.

Jane ve CBI ekibi, kaçırılan kurbanı bulmak için Lisbon’ın teşkilat ofisindeki güçlü rakibi Sam Bosco ile birlikte çalışmaya zorlanır.

Red John, CBI ofisine beklenmedik darbeyi vurarak üç ajanın ölümüne neden olur. Sam Bosco’nun durumu ise ciddiyetini korumaktadır.

Kuyumcuya yapılan soygun sırasında mağazaya giren adam ağır şekilde yaralanır. Adam, mağaza sahibinin kocasıdır. CBI ekibi vurgunun içerden yapıldığından şüphelenir. Şüpheler mağaza sahibinin iki yeğeni üzerine yoğunlaşır.

Eski bir lise öğrencisi ve eşi mezuniyet toplantısı öncesi öldürülür. Jane, kurnaz bir plan hazırlayıp katili ortaya çıkarmak ister fakat bu konuda Rigsby’nin yardımına ihtiyacı vardır.

Belediye başkanının medya ilişkileri sorumlusunun ölümü araştırılırken, davanın şüphelileri arasında olan bir eko-terörist Jane’i kaçırır. Bu arada CBI ekibi zoraki olarak belgesel çekilmesini kabul eder.

Oto galerisinde lüks bir arabanın bagajında başarılı bir satış sorumlusu kadının cesedi bulununca Jane ve CBI ekibi olayı soruşturmaya başlar.

Bir zamanlar Cho’nun Avon Park Playboys adlı çetesinin eski bir üyesi ölü bulununca Jane, Cho’nun gayriresmi soruşturmasına yardım etmek ister.

Yemek yarışması sırasında bir şef zehirlenerek ölür. CBI, şefin rakipleri, ayrı yaşayan eşi ve hırslı asistanı arasından katili bulmak zorundadır.

Biyolojik silah araştırması yapılan bir tesiste tehlikeli bir virüs kaçağı olur. Bir bilim adamının toksinle zehirlenip ölmesi CBI ekibini harekete geçirir. Lizbon ve Jane, ölümlerin cinayet olduğundan şüphelenirler.

CBI ekibi bir öğretmenin cinayetini araştırırken cesedinin yanında gizemli bir kırmızı kutu bulurlar. Bu arada CBI’da müdür değişir. Lizbon, yeni gelen patron Madeleine Hightower’ın yöneticilik vasıflarından endişelidir.

Ekip bir cinayet soruşturması yaparken Jane amnezi hastalığı olan bir tanıktan yardım ister. Cinayet davasının çözülebilmesi için Jane’in bu kadının zihnine girip anılarını açığa çıkarması gerekecektir.

Kelly Flower’ın öldürülmesinden sonra Jane kendi yöntemleriyle katili hemen tespit eder. Bu arada seri katil olabilecek bir davada ekip önemli ipuçları bulmuştur. Ancak Jane’in katili bulmak için kullandığı yöntemler sorunlara yol açar ve Lizbon’ın ekibi bir süreliğine askıya alınır.

CBI ekibi, çok büyük bir medya şirketinin CEO’sunun ölümünü soruşturuyor. Soruşturma sırasında gözler dini bir grubun karizmatik liderine yönelir.

Parlak bir matematikçi, palyaço kılığına girmiş bir kişi tarafından vurularak öldürülür ve işaret parmağı alınır. Soruşturmaya giden CBI ekibi, matematikçinin paha biçilmez bir şifre kırma cihazı üzerinde çalıştığını öğrenir.

Hector Brava, bir yardım kuruluşunda, insan ticareti ile ilgili konferansta önemli bir konuşma yapmadan önce öldürülür. Ekip soruşturmaya giderken patron, medya’da yer alan ünlü bir psikolok Kristina Frye’i de yardım etmesi için çağırır.

CBI, Red John kopyacısı tarafından işlenen bir cinayet hakkında soruşturma yürütür. Dava, gerçek Red John’un geri dönmesine neden olur ve Jane televizyonda onunla bağlantı kurmaya çalışır.