Reese ve Finch, Makine'nin kod kaynağını kurtarmaya çalışırlar. Ayrıca Root hayatı için Samaritan'ın ajanları ile savaşır.

Makine kendisini baştan başlatırken arızalanır. Bu arıza sonucu Finch ile Root'u bir tehdit olarak algılar.

Reese'in gizli kimliği, en son gelen numaranın CIA'den eski iş arkadaşı Kara Stanton olması ile açığa çıkma tehlikesi yaşar.

Shaw, onu esir alan kişilerden kaçmayı başarır. Fakat Shaw paranoyaklaşmaya başlayınca ekip onun akıl sağlığından şüphe etmeye başlar.

Reese ve Fusco, arkadaşının ölümünün intikamını almak isteyen Elias'a yakın biri tarafından tehdit edilirler.

Makine yeni verdiği numara ile, Reese ve Finch'i bir çift şüpheli insanı koruması için bir düğüne gitmelerini ister.

Makine'den gelen yeni numarada, komplo teorisi şovunun sunucusunu korumak için Root, bir radyo kanalında gizli göreve başlar.

Reese ve Finch, bir hastanede mahsur kalırlar. Bu sırada Samaritan'ın yeni üyesinin kafasında farklı düşünceleri vardır.

Yapılan ölümcül bir hata Finch'in kimliğinin açığa çıkmasına neden olur. Makine ise Finch'in numarasını gösterir.

Amerika Birleşik Devletleri Başkanı yeni hedef kişi olunca ekip hem komployu ortaya çıkarmak hemde gizli servisten uzak durmak zorundadır.

Reese ve Shaw Finch'i yakalamak için yarışırken Finch yalnızca Samaritanın değil aynı zamanda kendinin ve Makinenin de sonu olabilecek bir görevde maksimum güvenlikle bir hükümet tesisine sızmaya çalışacaktır.

Finch, Reese, Fusco ve Shaw Samaritan'ın Makineyi yok etmesini engellemek için beraber son bir göreve çıkarlar.