Hiç kimse makinenin nerede olduğunu bilmemektedir.Fakat makine hem Finch hem Reese ve onların yeni ortakları olan Shaw ve Root ile de iletişim kurmaktadır.

Bir internet şirketinin sahibi sevdikleri kayıp insanları bulmak adına açtığı sitede insanların kişisel bilgilerini satmaktadır. Carter Beecher'ın katilini ararken yeni bir polisi eğitmek zorundadır.

Makine gizli takipçi olduğu şüphesine sahip olan Ian Murphy'nin numarasını verince Reese, Shaw ve Carter, Fusco ve Zoe'nın da yardımıyla olayı araştırırlar.

Ekip, avukat olan bir kadının kocasın cinayetinin mükemmel kurgusundan sorumlu olup olmadığını araştırır.

Shaw makinenin tanımladığı 10 yaşında üstün yeteneklere sahip olan küçük kızın yanında durmak zorundadır. Carter'ın görevi ortaya çıkmak üzeredir.

Ruh sağlığı sınırlanmasından kurtulan Root, Makine'nin gösterdiği hedefte, Shaw'ın yardımına ihtiyaç duyar.

Ekip hipnoz tedavisi yapan kişinin davasını araştırırken büyük bir sürprizle karşılaşır.

Makine, Finch'e 38 numara birden verir. Carter'ın geçmişi açığa çıkar.

Tüm ekip, Carter'ın cinayetini aydınlatmaya çalışırken, Finch ekipten birinin HR ile olan savaşı durdurmak için fazla ileriye gitmiş olabileceğini farkeder.

Finch'in gençliğine geri dönüşte Makine'nin yaratılış süreci ortaya çıkar. Ayrıca ekip ölmek üzere olan bir adamın numarasını alır.

Ölmek üzere olan adamı korumak üzereyken ekip bir çok düşmanı ile karşı karşıya gelir. Reese olmadan ekip düşmanları tarafından tuzağa düşürülmüşlerdir.

Reese ekibi bir araya toplamak için uluslararası bir uçuş yapmaya hazırlanırken, planlarının değiştirilmiş olduğunu farkeder.

Reese, üstün yetenekli bir hırsızın bir çok vakaya karışmasını araştırması sonucu New York'da bulunan Finch'in yanına gider.

Finch, acil servis operatörünü korumak için gizli göreve gider, fakat tehdit ekibin düşündüğünden daha da büyük ve tehlikelidir.

Reese, ekibe katılmadan önceki Finch'in yaptığı operasyonlar açığa çıkmıştır ve günümüzde çok fazla şok edici bağlantıya sahiptir.

Makine gizemli bir geçmişe sahip olan hademeyi bulma görevini Root'a verir. Fakat Makine daha sonra aynı numarayı Finch'e de gönderir.

Ekip, hükümetin eski paralı askeri Birleşmiş Devletler diplomatını takip edince uluslararası politika olayına karışır.

Reese ve Shaw yeni hedefi göz önünde tutmak için lise mezunlar gününde eski mezunlar gibi organizasyona katılırlar.

Reese, hedefteki yeni kişiye yakın olmak için gizli servis ajanı gibi davranmak zorundadır.

Decima Samarita'nın yemini Reese ve Shaw'ı yakalamak için kullanırken, Greer Finch'in en büyük zayıflığını ortaya çıkarır.

Bilinmeyen bir varlığın Makine'nin olacak büyük bir felakete dair büyük resmi görmesini engellemesi üzerine ekip büyük resmin parçalarını toplamak için beş farklı numaraya yönlendirilir.

Ekip Samarita'nın çalışmasını ve ilk hedefi olarak onları almasını önlemek için ellerinden geleni yaparlar