Reese, bazı haydutlarından para çalan Leon'u kurtarmak için Finch'in Makine ile olan iletişim kurallarını çiğner. Sonrasında ise Makine'yi Finch'i bulmak için kullanacaktır.

Dedektif Carter ve Bay Reese, Root'un geçmişini incelemek için Teksas'a gider. Root, Finch'e Makinesini satın alan insanların kötü olduğunu gösterir.

Reese, yanlış tip insanlarla parti yapan Brezilyalı bir diplomatın kızının yeni koruması olur. Finch, kaçırılmasının ardından topluma yeniden uyum sağlamakta zorluklar yaşar.

Reese ve Finch, üzerinde yakalanması karşılığı ödül olan organize suça karışmış bir adamı korumaya çalışır.

Reese, risk almaktan hoşlanan genç bir gazetecinin öldürülmesini engellemeye çalışır. Medyanın ilgisini çekmemek için Reese onunla çıkmaya başlar.

John ve Zoe, son 15 yıldır ölü bir adamın kimliğini kullanan biriyle yakınlaşmak için karı koca kılığına girerler.

Leon, kendi koruması için tuzağa düşmüştür. Bir tıp doktoru zor bir kararla karşı karşıyadır. Dedektif Carter, Ajan Snow ile karşılaşır.

Reese ve Bay Finch, zengin evli bir çiftin birbirlerini öldürmesini engellemeye çalışır.

FBI, Takım Elbiseli Adam'ı yakalama çabalarına yeniden odaklanır.

Özel Ajan Donnelly, Reese ve diğer üç adamı Rikers Adası'nda gözaltında tutmaktadır. Finch'in yardımıyla Carter, Reese'in gözaltından çıkmasına yardım eder.

Finch ve Carter, Reese'i hâlâ Donnelly tarafından tutsak tutulduğu Riker'dan çıkarmaya çalışır. Bu arada, Fusco bir sonraki hedef üzerinde tek başına çalışır.

Reese, Stanton tarafından kurtarılır.

Bir teknoloji milyarderinin dengesiz davranışları, iş hayatını yok olma tehlikesiyle karşı karşıya bırakır.

Finch ve Reese, Sırp katillerin görünen hedefi olan temizlikçi bir kadını korumak için bir otele gizlice girerler. Bu arada Carter, FBI'a katılma sürecine başlar.

Sam Shaw ve ortağı Michael Cole, makineden hedef numaraları alır, ancak Reese ve Finch çok geç olmadan onlara yardım etmelidir.

Makine aniden altı numara verir ve bunlardan birinin ücra Owen Adası'nda bir yeri vardır. Tropikal bir fırtına nedeniyle Finch ve Reese, sekiz kişiyle birlikte orada sıkışıp kalırlar.

Leon Tao'yu bir kez daha kurtardıktan sonra Reese, kumarhanede servetini kaybeden bir emekliye bakmak için Atlantic City'ye gider.

Finch, yükselen başkan yardımcısını izlemek için bir teknoloji şirketinde gizli göreve gider. Şirket, farklı bir şey için paravan olan ajanlarla dolu görünür.

Saygın bir doktor Polonium ile zehirlenir ve Reese'in katilini bulmasına yardım etmek için sadece 24 saati vardır.

Bir sistem virüsü nedeniyle yeni bir numara için on gün bekleyeceklerdir. Sorunun kök (Root) olabileceğinden şüphelenirler.

Reese ve Finch, The Machine'i Root'tan kurtarmak için gizemli uluslararası organizasyon Decima ile iş birliği yapar.