Dean mezarında uyanır ve nerede olduğu hakkında hiçbir fikri yoktur. Dean, Sam'in şeytanla anlaşma yaparak kendisini cehennemden kurtardığını düşünmektedir, ama Sam anlaşma yapmamıştır. Dean'i kimin kurtardığını öğrenmek için bir medyuma giderler fakat medyum yaratığı görmek üzereyken gözleri yanar ve kör olur. Daha sonra Dean'i kurtaranın Castiel adında bir melek olduğu ortaya çıkar.

Dean, Castiel'in melek olduğuna inanmaz ve araştırmaya başlarlar. Bu arada Bobby'nin eski bir arkadaşı olan Olivia Lowry telefonuna uzun süredir cevap vermez ve onu bulmak için yola koyulurlar. Eve vardıklarında onu ölü bulurlar ve Bobby diğer arkadaşlarının da cevap vermediğini söyler. Daha sonra Dean de arkadaşlarını arar fakat onlardan da cevap alamaz. İlk önce Sam'in peşine daha sonra da Bobby ve Dean'in peşine, geçmişte onların hatası yüzünden ölen kişilerin ruhları takılır. Amaçları intikam almaktır.

Dean otel odasında uyurken, Sam yine gizlice çıkıp Ruby ile buluşur ve araba ile uzaklaşırlar. Bu arada Dean kabus görmektedir ve uyandığında odada Castiel’i görür. Castiel "Bunu durdurmalısın, Dean" der ve Dean’in alnına dokunarak onu tekrar uyutur. Dean uyandığında dışarıda bir banktadır ve nerede olduğunu bilemez. Yakınlarda gördüğü bir cafe'ye giderek bir adamın yanına oturur. Bir süre sonra zamanda geriye gittiğini ve yanında oturduğu adamın da babası "John Winchester" olduğunu fark eder.

Sam ve Dean bir vampir olayını araştırmaya başlar. Araştırmaya devam ederken bir de kurtadam olayıyla karşılaşırlar. Olaylar daha da ilginçleşmeye başlar ve bir de zombi olaya dahil olur. Vampir Dean'e saldırır ve Dean vampirin kulağını kopartır. Aslında bunların hepsinin tek bir kişi olduğunu ve bu işin eski korku filmlerini canlandıran bir Şekil Değiştiren ile alakalı olduğunu fark ederler.

Sam ve Dean esrarengiz kalp krizlerini araştırmaya başlar ve bir kurbanın otopsisine girerler. Dean burada hayalet hastalığı kapar ve 48 saatlik ömrü kalır. Hastalık yüzünden her şeyden korkmaya başlar. Dean'i kurtarmak için bunu yapan hayaleti aramaya başlarlar.

Sam ve Dean bir adamın jilet kusarak boğulmasını araştırmaya başlar. Bu işin bir cadının başının altından çıktığını anlarlar. Daha sonra da bir kız kaynayan suda yanarak ölür. Cadının amacı 29-30-31 Ekim günleri birer kişiyi öldürerek Samhain adlı şeytanı geri getirmektir. Bu şeytan geldiğinde diğer bütün yaratıklar uyanmaktadır. Sam ve Dean cadıyı durdurmaya çalışırlar.

Sam ve Dean hayalet gören bir kadını dinler ve bu olayı araştırmaya başlar. Olayı araştırırken bir adam Koca Ayak'ı gördüğünü iddia eder. Sam ve Dean ormana gittiklerinde Koca Ayak'ın izini görürler. Daha sonra bu olayın küçük bir kızın oyuncak ayısının konuşmasını dilemesiyle ilgili olduğunu bulurlar ve dilek kuyusunu yok etmeye çalışırlar.

Akıl hastanesindeki bir kız dünyanın sonunun geldiğini herkese söylemeye çalışır. Bunun üzerine hastanede görevli birinin içine giren bir şeytan bu kızı yakalamaya çalışır. Ruby, Sam ile Dean'e bu olayı anlatır ve Sam ve Dean bu olayın peşine düşer ancak, Dean şeytanın sözüne güvenilmeyeceğini söyler ve gitmekte pek istekli olmaz. Sam Ruby'nin yaptığı iyilikleri Dean'e anlatır.

Castiel meleklerin konuşmalarını duyabilen Anna'nın ölmesi gerektiğini söyler. Anna'yı almak için içeri girerken Anna psişik güçleriyle melekleri geri gönderir. Sam ve Dean olayı anlamak için Pamela'yı çağırır, Pamela, Anna'yı hipnoz eder ve Anna bir melek olduğunu anlar. Sam ve Dean Anna'nın yeniden eski gücüne kavuşması için özünü aramaya başlar.

Bodrumda büyüyen abi ve kız kardeş eve gelen yetişkinleri öldürmektedir. Evi alan en son ailenin en küçük çocuğu duvarda bir kızın olduğunu söyler ve ablası da hayaletin saldırısına uğradığını iddia eder. Aileyi kurtarmak isteyen Sam ve Dean, evin içindeki geçitleri bulur ve yaşadıkları yere ulaşır. Ulaştıklarında Dean'e saldırırlar ve Dean onları öldürmek zorunda kalır.

Eski bir sihirbaz olan Jay tekrar eski günlerine dönmek istemektedir. Birden şansı döner ve çok güzel numaralar yapmaya başlar fakat ölümcül numaralarda başarısız olduğunda onun yerine başka biri ölmektedir. Sam ve Dean bu olayı araştırmaya başlarlar ve Jay'in peşine düşerler fakat bunları Jay yapmamaktadır ve ne olduğunu hakkında bir fikri yoktur.

Sam ve Dean eski okullarında işlenen bir cinayet için yeniden oraya giderler. Geri dönüşlerden Sam ve Dean'in okul hayatı görülebilmektedir. Bu olayın çok güçlü bir hayaletle ilgili olduğunu bulurlar. Hayalet, çocukları ele geçirip onların öfkeli olduğu kişileri öldürtmektedir. Sam ve Dean hayaleti durdurmaya çalışırlar.

3 adam yeni tanıştıkları bir kadına aşık olup eşlerini öldürürler. Yapılan kan testinde aşk hormonu denilen Oxytocin adlı kimyasalın adamların kanında çok yüksek oranda bulunduğunu görürler. Sam ve Dean bu olayı araştırmaya başlar.

Bar çıkışında bir hırsız soymaya çalıştığı iki adamdan birisini vurur. Vurduğu adam yere düşer fakat hiçbir kanama yoktur ve çok geçmeden ayağa kalkar. Sam ve Dean bu olayı gazeteden öğrenir ve son 3 haftadır kasabada hiç kimsenin ölmediğini öğrenirler. Kendilerini blog yazarı olarak tanıtarak kalbine kurşun isabet edip kanaması bile olmayan adamla konuşurlar. Adam olayların bir mucize olduğunu düşünmektedir fakat Sam ve Dean aynı fikirde değildir. Sam ve Dean olayı araştırmaya başlarlar ve Azrail'in yok olduğunu öğrenirler. Onu geri getirebilmek için ruh olmaları gerekmektedir.

Biri melekleri öldürmektedir. Castiel ve Uriel bu olayı durdurmak için Dean'den yardım isterler. Dean'den Alastair'e işkence yapmasını isterler. Dean bunu zor da olsa kabul eder. Bu arada Ruby Sam'in yanına gelir ve onu şeytan kanıyla besler. Anna geri döner ve Castiel'e Dean'i durdurması gerektiğini söyler. Dean Alastair'den ilk mühürü kendisinin kırdığını öğrenir.

Sam ve Dean birbirlerini tanımadıkları ve tamamen başka bir dünyada uyanırlar Dean bir yazıcı şirketinin müdürü, Sam ise orada çalışan bir personeldir. İkisi de hayaletlere inanmazlarken, şirkette aniden intiharlar olduğunu görürler. Sam bu arada hayaletlerle ilgili rüyalar görmektedir ve Dean'le beraber avlandıklarını söyler. Dean baştan inanmaz ama şirketteki hayaleti görünce mecburen bu sırı çözmek zorunda kalırlar.

Bir yazarın 2005'ten beri Supernatural adında bir kitap yazdığını öğrenirler, Sam ve Dean'in yaşadığı tüm olaylar bu kitapta geçmektedir. Sam ve Dean yazarı bulmaya çalışırlar ve bu yazarın bir insan olmadığını fark ederler.

John Winchester'ın telefonu çalar, Sam ve Dean telefona cevap verir fakat telefon edenin John Winchester'ın gayrimeşru oğlu Adam Milligan olduğunu öğrenirler.

Castiel cennete geri gönderilir. Castiel'den geriye sadece onun bedeni Jimmy kalır, Jimmy ailesine geri dönmek ister ve şeytan melek savaşından kaçmaya çalışır fakat şeytanlar çoktan aileyi öldürmeye kararlıdır. Bu arada Castiel geri döner. Dean ve diğerleri Sam'in şeytan kanı içtiğini görünce Sam'i hücreye kapatırlar.

Sam, şeytan kanının etkisinden kurtulsun diye hücreye kapatılmıştır. Fakat Bobby, kıyameti durdurmak için yardım etsin diye Sam'i salmak ister. Dean buna karşı gelir ama Castiel, Sam'in hücreden kaçmasını sağlamıştır.

66. mührün kırılmasına sadece 1 mühür kalmıştır, Castiel ve Zacariah Dean'i bir odaya hapsederler. Sam Lilith'i öldürmeye çalışmaktadır. Sam Lilith'i öldürmek üzereyken Castiel, Dean'i serbest bırakır, ama Sam Lilith'i öldürmüştür. Bu arada son mührün Lilith'in ölmesi olduğunu öğrenirler. Lucifer artık serbesttir.