13. sezonun ilk bölümünde, kaldığımız yerden devam ediyoruz. Sam ve Dean annelerinin kaybıyla, Crowley ile Castiel'in ölümüyle ve Lucifer'ın oğlunun doğuşuyla yüzleşir.

Sam ve Dean, Jack'in hünerlerini keşfetmeye başlar. Donatello'nun beklenmedik ziyaretiyle iki kardeş, Jack'in korunmaya ihtiyacı olduğunu fark eder.

Pşisik Missouri Mosely (LORETTA DEVINE), kendisi gibi psişik torunu Patience'ı (CLARK BACKO) bir hayaletten korumak için Dean ve Jody'den (KIM RHODES) yardım ister.

Bir yas danışmanının (RUKIYA BERNARD) hastaları öldürülünce Sam, Dean ve Jack bu vakayı araştırmaya başlar ve üçü de kişisel yaslarıyla baş etmek durumunda kalır.

Jack'le tekrar bir araya gelen Castiel, Sam ve Dean'e eşlik ederek sessiz ve eski bir kovboy kasabasına gidince Dean'in çocukluk hayali gerçek olur ve kanun kaçağı bir silahşorla karşı karşıya gelir.

Asmodeus (JEFFREY VINCENT PARISE), Sam ve Dean'in izini sürerken, Jack'i aramaya devam eden iki kardeş tanıdık bir düşmanla karşılaşır.

Winchester kardeşler, Jack'in izini sürecek bir büyü karşılığında bir iblise ait gizemli bir sandığı çalmayı kabul eder.

Sam ve Dean'e güçlerini kontrol edebildiğini ispatlamayı çaresizce isteyen Jack paralel evrendeki Mary Winchester'ı bulmaya karar verince Kaia adında bir rüya avcısının (YADIRA GUEVARA-PRIP) yardımını ister.

Jody Mills, Sam ve Dean'i aramak için bir ekip kurar.

Donna'nın yeğeni Wendy (SARAH DUGDALE) ortadan kaybolur. Sam, Dean ve Donna, Wendy'nin canavarlara insan uzuvları satan bir adam tarafından kaçırıldığını öğrenir.

İki cadı kardeş, Winchester'lardan bir büyü kitabı çalınca Sam ve Dean hiç beklenmedik bir müttefikten yardım alır. Bu kişi, dirilip geri dönen Rowena'dan (RUTH CONNELL) başkası değildir!

Sam, Dean ve Castiel, yerel bir inanç şifacısıyla (DANNEEL ACKLES) beklenmedik bir anlaşma yapan Lucifer'ın peşine düşer. Asmodeus, Jack'i bulmaya bir adım daha yaklaşır.

Sam, Dean ve Cas yarığı açmaya çalışırken Jack ve Mary, Michael'ın pençelerinden kurtulmayı başarıp "apokaliptik âlemde" bir müttefik bulur. Bu müttefik, Bobby Singer'dır (JIM BEAVER).

Yarık açıp Mary ve Jack'i kurtarmak için gerekli olan neredeyse her şeyi toplayan Sam ve Dean, eksik olan son parçayı karaborsada satılan dini kalıntılar arasında arar.

"Zoinks!" Sam, Dean ve Castiel, Scooby-Doo'nun çizgi film dünyasına ışınlanınca ürkütücü bir gizemi çözmek için Scooby'nin tayfasıyla iş birliği yapar.

Sam ve Dean, diğer âlemdeki ailelerini kurtarmak için gereken parçaları toplamaya devam eder. Son görevleri sırasında yolları, 1920'lerden kalma bir İngiliz Bilge Adamlar sığınağına düşünce başka bir boyuttan aç bir tanrıyla karşılaşırlar.

Lucifer, Jo ile cennete hükmederken Dean (JENSEN ACKLES), Mary ve Jack'i bulmaya bir adım daha yaklaşır. Gabriel'in geri dönüşü, Sam (JARED PADALECKI) ve Castiel'de şaşkınlık yaratır.

Sam ve Dean, Rowena'nın ölümcül görevini engellemeye çalışırken Castiel cennetteki melekleri safına çekmenin yollarını arar ancak gördükleri karşısında şaşkına döner.

Gabriel (RICHARD SPEIGHT JR.) geri döner ve kendisini Asmodeus'a satan yarı tanrılardan intikam almak için yaptığı plana Sam ve Dean'i de alet eder.

Sam, Dean, Castiel ve Gabriel, Mary ve Jack'in eve dönmesini sağlamak için işbirliği yapmak durumundadır. Rowena, Lucifer ile karşılaşır ve bu karşılaşma işleri kökünden değiştirebilir.

Sam ve Dean, masum insanların hayatını kurtaracak bir plan yapar. Jack, verdiği kararların sonuçlarıyla cebelleşmeye devam eder.

Sezonun son bölümünde Sam ve Dean'in iyi ve kötü arasındaki savaşı devam ederken fevrice verilen bir karar kardeşlerden birinin hayatını kökten değiştirebilir.