Daleklerin harabe hâline dönen gezegeni Skaro'da Darla von Karlsen, bir Dalek esir kampından kızını kurtarması için Doktor'dan yardım ister. Doktor'un şüphelenmesi Darla'nın daha önce insansı bir Dalek kuklasına dönüştürüldüğünü açığa çıkarır. Darla, Doktor'u Dalek Meclisi'nin olduğu bir uzay gemisine ışınlar. Günümüz Dünya'sında Rory, boşanma kağıdını vermek için Amy'nin yanına gider. Rory oradan ayrılırken sırasıyla Amy ve Rory, Dalekler tarafından kaçırılıp meclise getirilirler. Dalekler, kendisini yok etmeyi değil kendisinden yardım isteyince Doktor şaşırır. Daleklerin başbakanı meclisin yörüngesinde olan ve Tımarhane olarak bilinen bir gezegeni açıklar. Orada savaşta yaralanan ve delirmiş Dalekler tutulmaktadır. Saf nefreti yok etmenin zarafet kavramına aykırı olduğunu düşünen Dalekler onları öldürmek için isteksizdir. Doktor bu yüzden onlardan iğrenir. Meclis, Tımarhane'nin kalbinden Habanera Aria'nın bir iletişimini alırlar. Doktor iletişimin kaynağıyla bir bağlantı kurar ve bağlantıda Tımarhane'de kaza yapan bir Alaska yıldızgemisinde Ast Gösteri Yöneticisi olduğunu söyleyen Oswin Oswald adlı bir kadınla karşılaşır. Oswin, bir yıldır Dalekleri dışarıda tuttuğunu ve içeride kendi kendine sufle yaptığını söyler. Doktor, sütü ve yumurtaları nereden bulduğunu merak eder. Kaza gezegenin güç kalkanını koparmıştır. Bu yüzden gezegendeki mahkumların kaçma riski vardır. Bunu önlemek için, Meclis gezegeni uzaktan havaya uçurmak ister, ama güç kalkanı yeteri kadar kopmadığı için bunu yapamamaktadırlar. Güç kalkanı sadece gezegenin içinden kapatılabilmektedir. Ama Dalekler bu görevi yapmaktan korkmaktadır. Bu yüzden bu görevi Doktor, Amy ve Rory'ye verirler. Üçüne tesisin güvenlik sistemi için gelenleri dalek kuklasına dönüştüren nano-buluttan korunması için bileklik verilir. Sonra bir yerçekimi tüneli onları gezegenin yeryüzüne indirmek için aşağı doğru düşer. Doktor ve Amy birbirine yakın yerlere düşerler ve Alaskada kurtulanlardan olan Harvey tarafından bulunurlar. Ancak, Rory uzun bir bacadan Tımarhane'nin içine düşer. Yanlışlıkla oradaki bazı Dalekleri uyandırır. Bilgisayara giriş yapan Oswin, rory ile bağlantı kurar ve Rory'nin güvenli bir odaya gitmesini sağlar. Bu arada Harvey, Doktor ve Amy'ye Alaska kaçış kapsülüne doğru rehberlik eder. Ama sonra nano-bulutla dönüşmüş Dalek kuklası olduğu ortaya çıkar ve onlara saldırmaya başlar. Ondan kurtulsalar da gemide diğer cesetler de daha önce dönüştürüldüğü için uyanıp saldırmaya çalışırlar. Oswin onlarla iletişim kurarak Rory'ye yönlendirir ve zemin kattan aşağı inip kaçmalarını sağlar. Ancak kuklalar Amy'nin bilekliğini çalmıştır. Nano-bulutlara karşı korumasız kalan Amy, hafızasını kaybetmeye ve halisünasyonlar görmeye başlar. Doktor, güç kalkanını kaldırdıktan sonra Daleklerin gezegeni patlatacaklarını tahmin eder, ama Rory'nin saklandığı yer onları Dalek Meclisi'ne ışınlayabilmektedir. Doktor, Oswin'in kalkanları kapatmasını söyler. Oswin eğer kendisini alırsa güç kalkanlarını kapatacağını söyler. Doktor gidince Rory, bilekliğini Amy'ye vermeye çalışır. Doktor sevginin kukla dönüşümünü yavaşlattığını söylediğinden Rory, Amy'ye kendisini 2000 yıl beklediğini ("The Big Bang"), bu yüzden sevgisinin daha fazla olduğunu söyler. Amy buna kızarak "A Good Man Goes to War" bölümünde olanlardan dolayı çocuğu olamayacağından ve Rory'yi sevdiğinden terk ettiğini söyler. Rory, zorla bilekliğini Amy'ye takmaya çalışır, ama Doktor'un Amy uyurken habersiz olarak kendi bilekliğini taktığını anlarlar. Doktor, Oswin'in olduğu yere gitmeye çalışır. Yolda daha önce kendisinden kurtulan Daleklerin olduğu yoğun bakın ünitesinden geçer. Dalekler uyanıp Doktor'u yakalamaya çalışır. Oswin, Daleklerin telepatik ağlarında toplanan bilgilerden Doktor ile ilgili olanları siler ve Daleklerin Doktor'u unutmasını sağlar. Böylece Doktor'u kurtarır. Doktor, daha önce bunu denediğini ama başaramadığını söyler. Doktor, Oswin'in olduğu yere girer. Ama orada Oswin'in aslında korktuğu gibi bir dalek olduğunu görür. Alaska, Tımarhan'de kaza yaptıktan sonra Oswin Dalekler tarafından dönüştürülmüştür. Oswin bir dahi olduğu için kuklaya değil tam bir Dalek'e dönüştürmüşlerdir. Dönüşümüyle baş edemediği için zihninde bir insan olarak kurtulduğunu hayal etmiştir. Doktor, ilk başta bir şeylerin yanlış gittiğinden şüphelenmişti. Çünkü Oswin'in saklanırken sufleyi yapacak malzemeri almasının imkanı yoktu. Oswin, tam Dalek kişiliğine dönüşmeye başlarken hâlâ insanı duygulara sahiptir ve Doktor'u öldürmez. Sonra bunun üstesinden gelir. Oswin, Doktor'a neden Daleklerin kendisinden bu kadar nefret ettiğini sorer. Doktor, onlarla pek çok kez savaştığını söyler. Oswin, Daleklerin Doktor'a duyduğu korkuyla daha çok güçlendiklerini anlar. Güç kalkanlarını kaldıracağını söyler. Doktor'dan kendisin insan olarak hatırlamasını söyler ve son konuşmasında "Koş. Koş, zeki çocuk ve unutma..." der. Doktor, barışan Amy ve Rory'ye döner. TARDIS'e ışınlanırlarken gezegen patlar. TARDIS, meclise gider ve Doktor dışarı çıkar. Tüm Daleklerin kendisini unuttuğunu görür. Meclisteki tüm Dalekler "Doktor kim?" demeye başlar. Doktor, sevinçle oradan ayrılır. Bu arada Rory, Amy'nin arkasından eve döner. Bölüm, Doktor'un sevinçle TARDIS'te Doktor kim?" diyerek eğlenmesiyle biter.

Doktor, Amy, Rory, Rory'nin babası Brian (Mark Williams), Kraliçe Nefertiti (Riann Steele) ve avcı John Riddell (Rupert Graves) dinozorların olduğu insansız bir gemide uzay yıkımını önlemeye çalışır. Doktor ve yol arkadaşları o gemide daha önce Silurian ırkının olduğunu öğrenir. Onları bulan Solomon adlı bir insan (David Bradley) gemide dinozor satmak için Silurianları öldürmüştür. Doktor Solomon'un planlarını bozar ve gemiyi imha edecek füzelerin gelmesini engeller.

TARDIS yanlışlıkla 1870 yılına Amerika'nın batısında Mercy adlı bir kasabaya iner. TARDIS ekibi, kasabanın doktoru Jex'i, cyborg Gunslinger adlı bir uzaylının aradığını öğrenir. Doktor, Jex'in kendi gezegeninde savaşmak için gönüllüleri cyborga dönüştüren bir bilim adamı olduğunu öğrenir. Öte yandan Doktor'u kasabanın şerifi yaparlar. Gunslinger kendisine yapılanlar için intikam almak istiyordur. Doktor bir ikileme düşer, ya Jex'in kaçmasına yardımcı olmak için plan yapacaktır, ya da Jex'i Gunslinger'a verecektir. Ama Jex masum insanlara daha fazla zarar vermemek için intihar eder. Doktor, kendini imha etmek isteyen Gunslinger'ı kurtarır ve ona Mercy kasabasının şerifliğini verir.

Amy ve Rory, normal hayat ve "Doktor Hayatı" arasında seçim yapmaya çalışmaktadır. Bir anda dünyada milyonlarca siyah küpler görünür. Doktor, Kate Stewart (Jemma Redgrave) başkanlığındaki BİRİM'den döner ve Pondlarda kalmaya başlar. Bir yıl boyunca küplerde hiçbir değişiklik yoktur, bir yılın sonunda birden insanlığın üçte birinin kalbini durdurmadan önce rastgele özelliklerini aktif eder. Doktor bunun bir istila olduğunu ve Shakri'nin insanlığı ortadan kaldırmak için bunları getirdiğini anlar. Doktor, insanların kalplerini durdurması için kullanılan elektrik akımını tersine çevirir ve Shakri'nin gemisi yok olur. Bölümün sonunda Brian, Amy ve Rory'nin Doktor'un daima yol arkadaşı olmalarına izin verir.

Miss Kizlet (Celia Imrie), insanların ruhunu alıp bir veri bulutuna yüklemek için Wi-Fi yoluyla onların tanıdığı bir kişiye benzeyen "Kaşık kafalar" yollamaktadır. Bunlar olurken Doktor günümüzdeki Clara ile tanışır. Clara'nın da ruhu alınırken Doktor onu kurtarır. Clara Miss Kizlet'i ve onun bağlantılı olduğu The Shard adlı şirketi, orada çalışanları bulur. Veri bulutuna yüklenen tüm ruhları kurtarırlar. Bunu yapan Büyük Zeka'dır. Amaçları ruhların anılarından beslenmektir. Bu işte başarısız olan Miss Kizlet'in beynindekileri siler. Doktor, Clara'nın kendisine yol arkadaşı olmasını ister. Clara bunu düşünmek için Doktor'dan bir günlük süre ister.

Doktor, olağandışı bir şey olup olmadığını kontrol etmek için Clara'nın geçmişini inceler. Ancak olağandışı bir şey bulamaz ve Clara küçükken onun annesinin öldüğünü öğrenir. Clara'ya döner ve Clara "harika bir şey" görmek istediğini söyler. Doktor onu Yerel bir dinin yaşamın başladığına inandığı büyük bir gezegenin yörüngesinde olan gezegenlerden biri olan Akhaten gezegenine götürür. Toplumun para birimi manevi değere sahip bir nesnedir. Clara uyanmak üzere olan eski ve tehlikeli bir yaratığı yatıştırmak için sunulan festivalde çıkacak olan Merry Gejelh (Emilia Jones) adında küçük bir kıza yardım etmeye çalışır. Doktor ve Clara Merry'yi kurtarırlar ve o yaratığın anılar ve büyük gezegenin içinde yaşayan duygulardan oluşan bir parazit olduğunu öğrenirler. Clara, annesi ve babasının tanışmasını sağlayan yaprağı yaratığa sunar ve o paraziti yener.

Doktor ve Clara Las Vegas'a gitmek ister. Ancak TARDIS onları 1983 yılındaki Rus denizaltındaki topraklara götürür ve onları orada bırakıp gider. Doktor, 5000 yıl sonra buzdan çözülüp uyanmış bir Buz Savaşçısı olan Büyük Mareşal Skaldak'ı bulur. Ancak, Kaptan Zhukov, hem Doktor ve Clara'ya güvenmediği için hem de denizaltının Skaldak'tan daha fazla zarar görmemesi için Skaldak'ı zincirler. Ancak bunun yüzünden Skaldak insanlığa Buz Savaşçıları adına bir savaş ilan eder. Doktor, Skaldak'ı ikna etmeye çalışır ve Clara barışsever bir şekilde görünmeye çalışır. Ancak, Skaldak Buz Savaşçılarını çağırır, haber gelmez ve Skaldak terk edildiğini düşünür. Skaldak, zırhından çıkar ve insanların organına tıbbi analiz yapmak için gemidekileri öldürmeye başlar. Skaldak, bir nükleer füze ateşleyerek Dünya'yı kan gölüne çevirmek ister. Ancak, Clara, masum insanları öldürmesinin yanlış olacağını söyleyip onu ikna ederken Buz Savaşçıları Skaldak'ı almaya gelir ve Skaldak'ı alırlar. Tehlike geçtikten sonra, Doktor'un sonik tornavidası, TARDIS'in DEYS'i (Düşman Eylemi Yerdeğişim Sistemi) aktif ederek Güney Kutbu'na cisimlendiğini söyler.

Empatik bir pisişik olan Emma Grayling'in Clara üzerinde biraz ışık tutacağı düşüncesiyle Doktor, Emma ve Prof. Alec Palmer ile beraber Caliburn konağındaki Well Cadısı olarak bilinen hayalet soruşturması için 1974 yılına gider. Ev gittikçe soğur ve "bana yardım et" mesajı görünür. Doktor, Alec'in kamerasını ödünç alır ve TARDIS'le aynı yerin farklı zamanlarına giderek fotoğraflar çeker. Bu sayede, Doktor fotoğraftakilerin hayalet olmadığını ama Hila Tukurian adında bir zaman yolcusunun cep bir evrende sıkışıp oradaki bir yaratıktan kaçtığını öğrenir. Doktor hızla cep evrene bir portal oluşturması için Emma'nın pisişik yeteneklerini kullanarak bir cihaz oluşturur. Ancak, Emma yeterince dayanamaz ve Hila kurtulsa da Doktor orada kalır. Clara oraya gitmesi için TARDIS'i ikna eder ve oraya TARDIS'le uçar. Doktor'u gerçekliğe geri gönderir. Emma, Hila ile garip bir bağ hisseder. Doktor, onun Emma ve Alec'in soyundan olduğunu açıklar. Doktor, daha sonra cep evrendeki yaratığın türünden başka bir yaratığın konağın içinde olduğunu ve onların birbirine aşık olduğunu öğrenir. Doktor, yaratığı kurtarmak için cep evrene geri döner.

Clara TARDIS'in içindeyken TARDIS yanlışlıkla galaksiler arası bir hurda ekibi tarafından alınır. Onu kurtarmak için yardıma ihtiyacı olan Doktor Van Baalen kardeşlere (Ashley Walters, Mark Oliver, Jahvel Hall) ömür boyu bir ganimet vaat eder. İşbirliği sağlamak için, Doktor çıkışı kilitler ve 30 dakika içinde TARDIS'in kendini imha etmesini ayarlar. Bu arada, Clara yanan bir yaratıkla karşılaşır, TARDIS'in kütüphanesini görür ve Son Büyük Zaman Savaşı kitabını görür. Kitapta Doktor'un adı geçmektedir. Clara'yı bulurlar ancak TARDIS'te bir sızıntı vardır. Bunu halletmek için TARDIS'in motoruna gitmeye çalışırken Doktor, yanan zombileri görür. Onlar gelecekten bir yankıdır ve orada çok kaldıkları için bu duruma gelmişlerdir. Doktor ve Clara motor odasına varırlar. Orada yanan zombilerle yüzleşirler. Onlar, kendilerinin geleceğidir. Ama bu düzeltilebilir. TARDIS'in kalbine giderler ve konsola dönerler. Duvarda TARDIS'in Van Baalen kardeşler tarafından alındığı ana ait bir zaman çatlağı vardır. Doktor, o anı yeniden yazmak için bir cihaz oluşturur ve o cihazı o zamandaki Doktor'a verir. Doktor, o cihazı kullanarak TARDIS'i farklı bir konuma gönderir. Böylece TARDIS, Van Baalen kardeşlerin radarından kaybolur.

Madam Vastra (Neve McIntosh), eşi Jenny (Catrin Stewart) ve Strax (Dan Starkey), "Kızıl Korku"yu araştırmaktadır. Kırmızı cesetler bulurlar. Bunu yapan maddenin eski bir sülükten gelen zehirli madde olduğunu Vastra anlar. Çünkü çok uzun süre önce Silurianların başına da gelmiştir bu olay. Ancak bu zehre çok seyrek bir şekilde maruz kalmıştır. Bir araştırmacı bununla ilgili optografları (Ölen kişinin gördüğü son görüntüye ait fotoğraf) Vastra ve Jenny'ye gösterir. Optografta Doktor'un çığlık atarken çekildiğini görürler. Jenny, Doktor'u bulmak için, o tür ölümlerin yaşandığı Bayan Gillyflower (Diana Rigg) tarafından iletilen Sweetville'ye gider. Doktor'u bulur, ancak Doktor'un vücudu da kırmızı olmuştur. Ancak o Zaman Lordu olduğu için zehir ona işlememiştir. Zehiri tersine çevirir ve aynısını Clara'ya da uygular. Jenny ve Vastra "The Snowmen" bölümünde Clara öldüğü için onu görünce şaşırırlar. Bayan Gillyflower, bir sülük olan "Bay Sweet" ile çalışarak o zehirleri bir roket aracılığıyla tüm Dünya'ya zehri akıtarak insanlığı öldürmek istemektedir. Ancak, roket Vastra ve Jenny sayesinde zehir olmadan uçar. Bayan Gillyflower aşağı düşerek ölür ve Bay Sweet'in zehirini test ederek kendisini kör ettiğini öğrenen kızı Bay Sweet'i bastonuyla ezer. Vastra ve Jenny'nin Clara hakkındaki sorularını yanıtsız bırakan Doktor, Clara'yı evine götürür. Clara'nın dadılık yaptığı çocuklar "Hide" ve "Cold War" bölümlerindeki fotoğraflarını ve Viktorya dönemindeki Clara'nın fotoğrafını görür. Çocuklar da Clara'ya zamanda seyahat etmek istediğini söyler, yoksa babalarına bunu anlatacaklardır.

Clara ve Doktor çocuklarla (Artie ve Angie) beraber Hedgewick'in Dünyasına gider. Ancak, uzun süre Siberlerle yapılan savaştan beri terk edilmiştir. Doktor, yerdeki garip böcekleri görünce kalmaya karar verir. Siberböcekler, Cybermatlerin güncellenmiş versiyonudur. Doktor'un kafasına sibernetik parçalar girer ve Doktor'un zihnini ele geçirir. Kendisine Bay Zeki, Siber Planlayıcı isimlerini verir. Ancak zihninin tamamına hakim olamaz. Küçük bir kısım dengededir ve Doktor, Siber-Doktor ile bir anlaşma yapar. Satranç oynayacaklardır. Kazanan küçük kısmı alacaktır. Diğer yandan siberadamlar yenilenmiş ve çok hızlanmışlardır.[4][5] Artie ve Angie'yi yakalayarak zihinlerini kontrol altına alır. Siber-Doktor, Doktor'u yenmek için onun bir hamle yapmasını ve o hamleyi yaparsa çocukların kurtarılacağını söyler. Doktor bunu kabul eder. Sonra blöf yaparak üç hamlede Siber-Doktor'u yenebileceğini söyler, onun kafasını karıştırır ve sonik tornavidayı alarak siberin kendisini kontrol etmesinden kurtulur. Siberadamlardan kurtulmak için gezegeni havaya uçurmak dışında başka bir yol yoktur. Bir penideki resmin ve bir heykelin Lapa'ya çok benzediğini fark eden Angie onun imparator olduğunu anlar. Lapa sesle aktif edilen bir bombayı aktif eder ve kendileriyle beraber TARDIS'i bir imparator gemisine ışınlar. Lapa, Clara'ya evlenme teklifi eder. Ancak Clara bunu reddeder. Herkes evine döner. Ayrıca TARDIS Angie'ye yeni bir telefon hediye eder.

Tutuklu ve deli bir katil Madam Vastra'ya Doktor'un en büyük sırrının mezarına alınacağını ve onun keşfedildiğini anlatır. Vastra bir "konferans çağrısı" yapmak için özel bir uyutucu kullanır. Jenny ve Strax'ı getirir. 2013'te Clara'ya uyutucu enjekte ettiği bir mektup gönderir. "Zaman Yolculuğu rüyalarda her zaman mümkün olmuştur." River Song da onlara katılır. Vastra mesajı yanlış açıklar. Doktor onun sırrı söylenmeden ölmeyecektir, sır mezarı başında söylenecektir. Fısıldayan adamlar, Vastra ve ekibini kaçırır. Clara Doktor'un sesiyle uyanır ve Doktor'a öğrendiklerini söyler. Doktor ve Clara mezarın olduğu yere gider. Doktor'un mezarının olduğu yerde "içi dışından büyük" özelliğini kaybetmiş bir TARDIS vardır. içeri girerler ve Walter Simeon şeklindeki Büyük Zeka onları beklemektedir. Doktor'dan kontrol odasını açması için gerçek adını söylemesini ister. Doktor bunu reddeder, ancak Büyük Zeka, onun tüm arkadaşlarının kalbini durdurmaya kalkışınca konferans çağrısından beri Clara ile bağlantısı olan River Doktor'un adını söyler. Onu kimse görmediği için kimse adı öğrenemez. Kontrol odasında Doktor'un vücudu yerine ona ait yaşanmış ve yaşanmamış günlerin olduğu bir zaman çizelgesi vardır. Büyük Zeka, Doktor'un zaman çizelgesine girer ve milyonlarca parçalara ayrılarak (gerçek benliği ölür) Doktor'un tüm zaferlerini yenilgiye çevirmeye başlar. Doktor'un kurtardığı tüm gezegenler, yıldızlar kaybolmaya başlar. Ardından Clara onları eski haline çevirmek için Doktor'un zaman çizelgesine girer, Doktor'u kurtarır ve zamanı normal haline getirir. Böylece "Asylum of the Daleks" ve "The Snowmen" bölümlerinde Doktor'un Clara'yla nasıl karşılaştığı açıklığa kavuşur. Ayrıca, Doktor bu zamana kadar River'ı görmüştür ancak belli etmemiştir. Doktor kendi zaman çizelgesine girip Clara'yı kurtarmak için River'a veda ederken, River, Clara'ya bağlı olduğunu, eğer gerçek Clara öldüyse neden hâlâ kaybolmadığını sorar. Doktor, zaman çizelgesine girer ve Clara'yı kurtarır. Zaman çizelgesinde Doktor'un daha önce görülmemiş ve Doktor'un hatırlamak istemediği bir rejenerasyonuyla karşılaşır. O rejenerasyon yaptığı her şeyi başka çaresi olmadığı için yaptığını, barış ve akıl sağlığı adına yaptığını söyler. Doktor, ona "Ama Doktor adına değil." karşılığını verir.