Amy ıskalamıştır. Amy, Rory ve River yaratıkları —adları Sessizlik— aramak için üç ay uğraşır. Doktor ve TARDIS, Canton tarafından 51. bölgede tutulmaktadır. Grup tekrar bir araya gelir ve Sessizlik ile ilgili öğrendiklerini birbirleriyle paylaşırlar. Ne var ki hatıralarını paylaşamazlar, çünkü Dünya hipnotik güçleri sayesinde insanlığı kontrol edebilen bir uzaylı ırk tarafından istila edilmiştir. Doktor Apollo 11'i kurcalarken Amy ve Canton, Sessizlik'in musallat olduğu ve küçük kızın tutulduğu yetimhaneyi ziyaret eder. Amy kapı bölmesinde göz bandı olan bir kadın görür. Odaya girer ve küçük kızın odasında bebeğiyle kendi fotoğrafını görür. Sonra Sessizlik tarafından kaçırılır. Canton bir Sessiz'i yaralar. Doktor Sessizlik'in üssünde Amy'nin izini sürer. Televizyonda Ay'a inişin canlı yayınını görürler. Canton yaraladığı Sessiz'i iyileştirtir ve onun "Hepimizi gördüğünüz yerde öldürmelisiniz." sözünü kaydeder. Böylece tüm insanlara Sessizlik'in kullandığı hipnotik gücü kullanarak Sessizlik'in öldürülmesi talimatını verirler. TARDIS'te, Amy Doktor'a TARDIS'le seyahatlerinin doğacağı çocuğunu genetik olarak etkileyeceğinden korktuğunu söyler. Bu yüzden Rory'den önce kendisine söylediğini açıklar. Doktor Amy'nin hamilelik sonucu taramasını başlatır. Ancak sonuç hem negatif hem de pozitif çıkmaktadır. Altı ay sonra New York şehrinde küçük kız ölmektedir ama Zaman Lordlarının yapabildiği gibi rejenerasyon geçirir.

TARDIS'e gelen bir imdat çağrısını takip eden Doktor, Amy ve Rory kendilerini 17. yüzyıla ait bir korsan gemisinde bulurlar. Henry Every'nin (Hugh Bonneville) kaptanlık yaptığı bu gemiye musallat olan Siren benzeri bir canlı (Lily Cole) mürettebattan yaralananları siyah bir noktayla işaretleyip sonra da görünüşte parçalara ayırmaktadır. Rory yaralanınca Amy ve Doktor onu Siren'den uzak tutmaya çalışırlar. Siren'in yansımanın olduğu her yerde ortaya çıkabildiğini öğrenirler ve tüm yansıtan eşyaları gemiden uzaklaştırmaya çalışırlar. Rory ve Avery'nin oğlu Toby (Oscar Lloyd) Siren tarafından alınınca Doktor, Amy ve Avery de kendilerini yaralar ve Siren onları korsan gemisiyle aynı noktada bulunan görünmez bir uzay gemisine ışınlar. Rory ve Toby'yi bir revirde bulurlar. Amy ve Doktor, Rory'nin yaşam desteğini kapatır. Rory'yi TARDIS'e taşırlar ve Amy, Rory'ye kalp masajı yaparak hayata döndürür.

TARDIS'e bir asteroit üzerindeki çöp gezegenden Zaman Lordlarına ait bir imdat çağrısı gelir. Doktor, Amy ve Rory orada Yengecik (Elizabeth Berrington), Amca (Adrian Schiller), Yeğen dedikleri bir Ood ve Idris (Suranne Jones) ile tanışır. Asteroit, "Ev" (Michael Sheen seslendirmiştir.) tarafından kontrol edilmektedir. Doktor, TARDIS'e gelen çağrının asteroitteki tuzağa çekilmiş ve öldürülmüş Zaman Lordlarından geldiğini, Ev'in bu enerjiden beslendiğini anlar. Doktor, Zaman Lordları çoktan öldüğü için üzülür. Ev normal evrene kaçmak için TARDIS'i ele geçirir. Amy ve Rory de TARDIS'in içinde hapis kalır. Doktor, TARDIS'in kişiliğinin ölmeye başlayan Idris'te olduğunu öğrenir. İkisi Amy, Rory ve Ev'i TARDIS'ten çıkarmak için derme çatma bir TARDIS yapmaya karar verir. Yaptıkları TARDIS'i Doktor'un TARDIS'inin içine cisimlendirirler. TARDIS'in bilinci Idris'ten ayrılır, Ev yok olur ve TARDIS özgür kalır.

Bir "güneş tsunamisi"ne yakalanan TARDIS 22. yüzyılda bir adadan ölümcül asit pompalamak için fabrika haline getirilmiş eski bir manastıra sürüklenir. Miranda Cleaves (Raquel Cassidy) önderliğindeki fabrikanın işçileri kendi bedenlerinin replikalarını oluşturarak onların yerine çalıştırmaktadır. Cleaves, Doktor'un güneş fırtınası hakkındaki uyarılarını dikkate almaz. Doktor güneş konnektörünü kesmeye çalışır, ama bir elektrik çarpması fabrikadaki herkesi bayıltır. İşçilerin duyguları yüklenen replikalar insanları öldürmeyi planlar. Doktor, insanları güvende tutmaya çalışırken Rory kaybolan Jennifer'ı (Sarah Smart) bulmak için onlardan ayrılır. Amy ve Doktor, Doktor'un da replikasını keşfeder.

Amy, Doktor'un et versiyonuna güvenmez, ama yanlışlıkla Doktor'un Silencio gölündeki ölümünü söyler. Jennifer'ın replikası insanlara karşı savaşta önderlik eder. Kendisinin insan versiyonunu öldürür ve Rory'yi kandırmak için kendisine benzer başka replika oluşturur. Amacı insanları asit depolama odasına hapsetmektir. Doktor'un replikası insanları kurtarmak için diğer replikaları ikna etmeye çalışır. Ama Jennifer'ın replikasına inanırlar ve Jennifer kendisini bir canavara dönüştürür. Doktor'un replikası Jimmy'nin (Mark Bonnar) replikasına Jimmy'nin oğlunu göstererek insani özelliklerini ön plana çıkarır ve replikaların kendisiyle olmasını sağlar. En son Doktor, replikasıyla ayakkabılarını değiştirerek Amy'ye ders vermeye çalışır. Sonra Doktor'un ve Cleaves'in replikaları canavarı yok etmek için geride kalır. Amy kasılmalar yaşamaya başlar ve Doktor, Amy'nin aslında kendisini gerçek Amy sanan bir replika olduğunu açıklar. Amy'nin et formu parçalanır ve Amy gerçek formunda beyaz bir tüp içinde hamile olarak uyanır. Onu izleyen göz bantlı kadın (Frances Barber) Amy'ye "ıkın" der.

Amy ve onun yeni doğan çocuğu Melody Pond, Göz Bantlı Madam Kovarian tarafından kaçırılmasıyla Doktor onları kurtarmak için bir ordu kurar ve Rory asteroid tabanlı Şeytanın Kaçışı üssüne sızar. River Song, orduya katılmayı reddeder. Henüz diğerleri farkında olmasa da River Song büyük bir savaşın gerçekleşeceğini ve Doktor'un en karanlık saatini yaşayacağını bilmektedir, bu yüzden her şey bitene kadar Doktor'la kalamayacağını ve şimdilik bu teklifi reddettiğini söyler. Daha sonra Doktor ve Rory üssü güvenliği hâle getirir, Amy kaçar ve Melody'yi geri alır. Doktor'un müttefikleri, Amy ve Rory'nin düğün gecesini ("The Big Bang") TARDIS'te geçirmelerinden dolayı Melody'nin hem insan hem de zaman lordu DNA'sı taşıdığını öğrenir. Rory ve Doktor'un diğer müttefikleri Başsız Keşişlerle savaşır. Doktor, geri aldıkları Melody'nin replika olduğunu anlar ve geç kalmışlardır. River Song, Doktor'a kimliğini açıklar ve Amy ile Rory'ye kızlarını geri getireceğini söyleyerek sevinçle TARDIS'e koşar ve oradan ayrılır. River, çifte kendilerinin kızı olduğunu ve "River Song"un Gama Ormanlarında çevirisinin "Melody Pond" olduğunu açıklar.

Doktor, Amy ve Rory'yi Leadworth'e çağırır. Melody'yi bulamadığını söyler. Çocukluk arkadaşı ve Amy ile Rory'nin birlikteliğini sağlayan Mels (Nina Toussaint-White) ile karşılaşırlar. Mels TARDIS'i kaçırır ve kontrolü ele alarak 1938 yılındaki Berlin'e Hitler'in ofisine götürür. Oraya gitmeleriyle yanlışlıkla Hitler'in hayatını kurtarırlar. Suçlu insanları minyatür durumuna getirerek kendisine hapseden robot görünümlü bir uzay gemisi olan Teselecta'nın Hitler'i öldürmesini engellemişlerdir. Teselecta'yı vurmaya çalışırken yanlışlıkla Mels'i vuran Hitler'i Rory dolaba kilitler. Ölmeye başlayan Mels'in rejenerasyonu başlar ve Mels'in River Song olduğunu anlarlar. River birkaç kez Doktor'u öldürmeye çalışır, ancak başaramaz. En sonunda Doktor'u zehirli rujuyla öper ve Doktor 32 dakika içinde ölecektir. Teselecta, Doktor'un ölümünden sorumlu olan River'ı suçlu olarak tanımlar. Ama Amy ve Rory onu savunur. River, Teselecta'ya hapsolan Amy ve Rory'i TARDIS'e ışınlayarak onları kurtarır. En son ölmek üzere olan Doktor'a pişman olan River tüm rejenerasyon enerjilerini vererek Doktor'u kurtarır.

Doktor, Amy ve Rory yatak odasındaki dolapta bir canavarın yaşadığını düşünen George (Jamie Oram) isimli bir çocuktan yardım çağrısı alır. Doktor çocuğun babası Alex (Daniel Mays) ile konuşur. Asansörü kullanan Amy ve Rory kendilerini aniden oyuncak evin içinde kendi boyutlarında ve kendilerine saldırmaya çalışan tahta bebeklerin arasında bulur. Amy'yi yakalarlar ve Amy onları gibi oyuncak bebeğe dönüşür. Doktor, Alex'in eşi Claire'ın (Emma Cunniffe) aslında hiç hamile kalmadığını ve asla çocuklarının olamayacağını öğrenir. Doktor, George'un bir çocuk Tenza olduğunu iddia eder ve algı filtresiyle Alex ve Claire'ın çok istedikleri çocuğun formunda olan empatik uzaylı olduğunu anlar. Çocuğun korkularını gardıroba kilitleme yeteneği vardır. George panikler ve Doktor ile Alex'i gardırobundaki oyuncak eve yollar. Doktor eğer George gardırobu açıp korkularıyla yüzleşirse durumun düzeleceğini düşünür. En son George gardırobu açar ve oyuncak bebekleri ikna eder. Her şey eski haline döner ve Alex, oğlu George'a sarılır.

Doktor, Amy ve Rory'yi tatil için Apalapucia gezegenine götürür. Ama gezegen ölümcül bir veba olan ve iki kalpli olanları bir gün içinde öldürebilen Chen7 salgınından dolayı karantina altında olduğundan habersizlerdir. Yerli nüfus tarafından "nezaket merkezleri"nde vebaya yakalananlar birkaç bin hızlandırılmış zaman akışından birine yerleştirilmektedir. Bekleme odasında sevdikleriyle iletişim içinde olmaları için büyük bir cam lens aracılığıyla görüşmelerine izin verilmektedir. Amy, yanlışlıkla Doktor ve Rory'den ayrılıp hızlandırılmış zaman akışlarından birinde sıkışır. Doktor ve Rory, Amy'nin yerini bulurken tesisin yüzü olmayan, elleri insan eline benzeyen beyaz robotlar olan Elbotlarla karşılaşırlar. Elbot veba salgınını açıklar. Doktor ile Rory'yi tanımada başarısız olur ve onları hasta sanır. Elbotlar onlar için ölümcül olma ihtimali olan bir doz ilaç vermeye çalışır. Elbotları atlattıktan sonra Doktor, Amy'yi uyarmak için cam lensi kullanır ve nezaket merkezinde beklemesini söyleyerek kurtarma sözü verir. Doktor, Amy'nin zaman akışını TARDIS'e kilitledikten sonra cam lensi alarak Rory ile beraber TARDIS'e döner. Bu arada, Amy bir arayüzle karşılaşır. Arayüzle iletişim kurarak farklı zaman akışlarını bir arada tutan zaman motorlarının dumanlarını kullanarak Elbotlardan gizlenebildiğini öğrenir. Veba yüzünden TARDIS'ten çıkamayan Doktor, Rory'ye lensi, sonik tornavidasını ve Rory'nin bakış açısını görebilmek için bir gözlük verir. Rory, kompleksi keşfe çıkar ve gördüğü bir Elbot grubundan kaçar. Robotları daha yaşlı ve sert olan Amy çabucak öldürür. Arayüzün yardımıyla her şeyi öğrenen Amy kaçmayı başaramamıştır. 36 yıldır beklediğini söyler ve Doktor'a çok sinirlidir. Tek başına elini keserek yeniden programladığı elbota "Rory" adını vermiştir. Doktor, yanlış zaman akışına tutunduğunu anlar. Genç versiyonunu bulmaya yardım etmesi için Amy'yi ikna etmeye çalışır. Genç Amy kurtulunca kendisinin olmayacağını bildiğinden bunu reddeder. Doktor, genç Amy'nin yakınlarda olduğunu anlar ve Rory'ye onunla iletişim kurması için lensi kullanmasını söyler. Rory, lensi kullanarak ağlayan genç Amy'yi görür. Yaşlı Amy'nin bunu görünce yardım edeceğini umarak ona gösterir. Yaşlı Amy, gençken yaşlı versiyonunu ikna etmeye çalıştığını ama başarısız olduğunu hatırlar. Ancak, bu sefer genç Amy, Rory'yi dikkate almasını söyleyerek yanşlı Amy'nin fikrini değiştirmeye çalışır. Yaşlı Amy, Doktor'a iki Amy'yi de alırsa bunu kabul edeceğini söyler. Doktor, farklı zaman akışlarındaki iki Amy'nin aynı anda TARDIS'te yer alması paradoks oluşturacağı için bunun çok zor olmasına rağmen bunu yapacağına söz verir. Doktor, Rory'ye zaman motorlarını manipüle ettirir ve iki Amy'ye aynı şeyi düşünmelerini söyler. Böylelikle iki Amy'yi aynı zaman akışına geçici olarak getirir. Rory'nin gözlükleri paradokstan dolayı geri bildirim alır ve Doktor ile bağlantıları kesilir. Üçü, Doktor'un yardımı olmadan birkaç Elbot'u geçip TARDIS'e ulaşmaya çalışırlar. TARDIS'e yakınlen yaşlı Amy, diğer ikisini korumak için geride kalır. Ama genç Amy Elbot'tan kaçmaya çalışırken Elbot onu anestetikle bayıltır. Arkalarından yaşlı Amy gelirken Rory, genç Amy'yi TARDIS'e taşır. İkisi TARDIS'e girdikten sonra Doktor, kapıyı kapatarak yaşlı Amy'nin girmesini engeller. Rory'ye iki Amy'nin aynı zaman akışında olmasının imkansız olduğunu söyler. Rory, iki Amy'den birini seçmek zorunda kalır. Yaşlı Amy, Rory'ye gitmesi gerektiğini söylerken TARDIS'in kapısının bir tarafında Rory, diğer tarafında yaşlı Amy acıklı bir şekilde veda eder. Daha sonra yaşlı Amy, Elbotların kendisini almasına izin verir. Genç Amy uyanır ve yaşlı Amy'nin nerede olduğunu sorar. Doktor, Rory'nin ona açıklaması için Amy ile Rory'yi yalnız bırakır.

Doktor, Amy ve Rory kendilerini sürekli koridorları değişen 1980'lerin oteline benzeyen bir yerde sıkışmış bulurlar. Otelde Rita (Amara Karan), Howie (Dimitri Leonidas), Joe (Daniel Pirrie) ve uzaylı Gibbis (David Walliams) ile tanışırlar. Birer birer Joe, Howie ve Rita minotor benzeri bir canavar tarafından yakalanır ve kendisine inandırarak onları öldürür. Doktor minotorun belli bir inancı olan kişilerden beslendiğini tahmin eder. Sıradakinin de Amy olduğunu düşünür, çünkü Amy kendisine inanmaktadır. Amy'nin kendisine olan inancını kırmaya çalışır ve canavar yıkılır. Otelin aslında bir hapishane gemisinde yer alan simülasyon parçası olduğu anlaşılır. Doktor, Amy ve Rory'yi Dünya'ya götürür. Hayatlarını daha fazla tehlikeye sokmamak için yolculuğu bırakmanın onlar için en doğrusu olacağını söyleyerek oradan ayrılır.

Yaklaşık 200 yıl geçiren Doktor, Silencio Gölü'ndeki yaklaşan ölümü üzerine veda turu yapmaya karar verir. Daha önce "The Lodger" bölümünde görünen Craig Owens'ı (James Corden) ziyaret eder. Craig, eşi Sophie (Daisy Haggard) ile başka eve taşınmıştır ve Alfie adını verdikleri bebekleri olmuştur. Sophie tatile gider. Doktor Craig'e uğrar. Daha sonra bölgedeki garip elektrik kesintilerini araştırır. Doktor iz aramak için bir mağazaya gider. Craig de çocuğuyla beraber mağazadadır. Doktor'la tekrar karşılaşan Craig, Doktor'la beraber asansörde Siberlerin uzay gemisine ışınlanma yolu olduğunu ve Cybermatleri keşfederler. Doktor binanın altında bir gemi bulur ve Siberler tarafından yakalanır. Doktor'u takip eden Craig Siber'e dönüştürülür. Ama Alfie'nin ağlamasını duyan Craig dönüşümü tersine çevirerek kurtulur ve Doktor'u kurtarır. Bu arada, Kovarian ve Sessizlik River'ı yakalayıp ona zorla astronot kıyafeti giydirirler.

Ölümünü önleyemeyeceğini bilen Doktor gitmeleri için Amy, Rory, River ve Canton'a Silencio Gölü'ne olan davetiyeleri vermesi için Teselecta'ya verir. O an geldiğinde astronot kıyafeti içindeki River Doktor'u öldürmez. Ama bu zamanda sabit bir nokta oluşturur ve zaman çökmeye başlar. Alternatif bir zaman çizelgesine yerleşirler. Bu zaman çizelgesinde kocası Rory'nin olduğunu hatırlayan ama askerlerden birisinin Rory olduğunu bilmeyen ve duvardaki çatlağı da hatırlayan ajan Amy, Doktor'u bulur. Eğer Doktor, River'a dokunursa zaman gölün orada devam edecektir. Amy, Rory'yi öğrendikten sonra çocuğunu kaçıran Madam Kovarian'ı öldürür. En son Doktor, River'a eğer bu durdurulmuş zaman çizelgesinde kalırlarsa evrenin çökeceğini söyler. River'ın kulağına bir şeyler fısıldar ve evlenirler. Öpüşmeye başlarlar ve zaman ilerlemeye başlar. Sonra River, Amy ve Rory'yi ziyaret eder. Zamanın güvenli bir şekilde ilerlemesi için Doktor'un Teselecta kopyasının öldüğünü ve Doktor'un ölmediğini söyler. Bu arada, Doktor'un arkadaşı Dorium (Simon Fisher-Becker) Doktor'u uyarır.