"The End of Time, Part 2" bölümünün devamında yeni rejenerasyon geçiren Doktor, TARDIS'le kaza yapar ve TARDIS 1996 yılına Leadworth'e, yedi yaşındaki Amelia Pond'un evinin bahçesine düşer. Doktor, Amelia Pond ile tanışır. TARDIS'in kendi kendisini tamir etmesini beklerken, yeni yüzünü keşfetmeye başlar. Birçok yemeğin tadını beğenmeyen Doktor, balık kroket ve kremayı karıştırdığı yemeği beğenir. Sonra, Amelia Doktor'a yatak odasının duvarındaki korktuğu çatlağı gösterir. Doktor, çatlağın uzay ve zamanda yer alan bir çatlak olduğunu anlar. Çatlağı açar ve bir Atraxi hapishanesi görür. Atraxi, Doktor'un psişik kağıdına Tutsak Sıfır'ın kaçtığını söyleyen bir mesaj yollar ve çatlak kapanır. Sonra, TARDIS'in cloister çanını duyan Doktor; hızla TARDIS'e döner, sistemin aşırı ısınmasını önlemek için zamanda yolculuk etmesi gerektiğini söyleyerek Amelia'ya beş dakika içinde geri döneceğine söz verir. TARDIS kaybolduktan sonra Amelia aceleyle bir bavul hazırlar ve TARDIS'in kaybolduğu yerin yakınında bekler. Doktor, TARDIS'le Amelia'nın evinin bahçesine iner. Ancak aradan beş dakika değil on iki yıl geçmiştir ve Doktor bundan habersizdir. Evi ararken kafasına kriket sopası yer ve bayılır. Kaloriferlere kelepçeyle bağlanmış şekilde uyanır. Kendisine bunları yapanın yetişkin biri olmuş olan Amelia olduğunu öğrenir. Amelia, adını Amy olarak kullanmaktadır. Ayrıca hayranlığından dolayı küçüklüğünde Doktor'un oyuncaklarını yaptığını, hakkında hikâyeler söylediğini ve diğer köylüler tarafından alay konusu olduğunu öğrenir. Doktor, daha sonra Tutsak Sıfır'ın Amy'nin evinin algı filtresi yüzünden hiç fark etmediği bir odasında gizlendiğini söyler. Amy, risk alarak odaya girer ve çıktıktan sonra Doktor'u serbest bırakıp daha önce Doktor'un odaya attığı sonik tornavidayı Doktor'a verir. Tutsak Sıfır'ı atlatıp evden kaçarlar. Kısa bir süre sonra, Doktor'un Dünya'ya dönmesiyle Atraxi yörüngeye yerleşir ve Dünya'ya bir tehdit mesajı yollar. Eğer Tutsak Sıfır ellerine geçmezse Dünya'yı yakacaklarını söyler. Amy'nin erkek arkadaşı Rory ile tanıştıktan sonra Doktor, Tutsak Sıfır'ın boyutlar arası çok şekilli bir yaratık olduğunu söyler. Tutsak Sıfır'ın yakındaki bir hastanedeki komada olan hastaların şekline büründüğünü öğrenir. Doktor, laptoptan bilimsel uzmanların yer aldığı bir çevrimiçi toplantıya davetsiz olarak katılır. Atraxi durumunu tartışırlar ve Doktor, onlara talimat gönderir. Doktor, bir itfaiye arabası kaçırarak hastaneye Amy ve Rory'yi Tutsak Sıfır'dan kurtarmaya gider. Doktor bir bilgisayar virüsü oluşturup onu "0" şeklinde dünyaya yayınlamıştır. Rory'nin telefonundan çektiği komadaki insanların şekline bürünen Tutsak Sıfır'ın resimleri ile bağlantı kurar ve Atraxi'nin dikkatini çekerek Tutsak Sıfır'ın kimliğini açığa çıkarır. Tutsak Sıfır, Rory'nin telefonunda olmayan bir şekle gireceğini söyler. Amy'yi bayıltır ve Doktor ile küçük Amelia'nın şekline girer. Doktor'un şekline girmesinin nedeni Amy'nin Doktor'un yokluğunda oluşturduğu bağdır. Doktor, Amy'nin kendisini duyabildiğini anlar ve Amy'ye evde gördüğü Tutsak Sıfır'ın asıl şeklini düşünmesini söyler. Tutsak Sıfır asıl şekline döner. Atraxi, kimliği açığa çıkan Tutsak Sıfır'ı bulur ve yakalar. Tutsak Sıfır gitmeden önce Doktor'u "Sessizlik, Doktor ... sessizlik yayılacak." diyerek uyarır. Atraxi yörüngeyi terk eder. Ama Gölge Bildirgesi'ni hatırlayan Doktor, gezegeni tehdit edip kurallara aykırı davrandığı için Atraxi'yi geri çağırır. Atraxi'ye daha önce Dünya'yı ele geçirip yok etmeye çalışanları önceki yüzleriyle nasıl yendiğini gösteren görüntüler sunar. Bu yüzden Atraxi'ye kaçmalarını söyler. Doktor hızlıca Amy'nin evinin bahçesine gidip TARDIS'e döner. Amy ve Rory ona yetişemeden gider. Daha sonra Doktor Amy'nin evine döner. Ancak aradan iki yıl geçmiştir. Amy hâlâ üzgün olmasına rağmen Doktor'un uzay ve zamanda yolculuk yapma teklifini kabul eder. Sonraki güne dönmek için de söz alır. Amy, Doktor'a neden kendisini seçtiğini sorar. Doktor yalnız olduğunu söyler. TARDIS kaybolurken Amy'nin yatak odası, oyuncakları "Pejmürde Doktor" çizimi ve gelinliği gösterilir.

Doktor ve Amy, uzak gelecekte güneş alevleri yüzünden yeryüzünün taşındığı uzay gemilerinden biri olan, tüm Britanya nüfusunun taşındığı (İskoçya hariç) Yıldız Gemisi BK adlı bir gemiye varır. Gemi, rehberlik eden bir uzaylı türü olan "yıldız balinası" tarafından kontrol edilmektedir. Ancak balinaya işkence etmektedirler. Bu şekilde devam etmesini istemeyen Doktor yıldız balinasını acısız bir şekilde öldürmek ister. Gemi hareket etmeye devam edecektir. Ancak Amy balinanın güneş alevlerinden dolayı ağlayan çocuklara dayanamayıp gemiye gönüllü olarak hizmet ettiğini anlar ve balinayı kurtarır.

Winston Churchill'ın (Ian McNeice) aramasıyla Doktor ve Amy, the Blitz dönemine gider. Orada Profesör Bracewell'in (Bill Paterson) yaptığı demirden askerlerle karşılaşır. Ancak onlar aslında Doktor'un en büyük düşmanı daleklerdir. Bracewell'in aslında daleklerin yaptığı bir android olduğu anlaşılır. Daleklerin asıl amacı kendilerini yenilemektir. Kendilerini yenilerler. Doktor onları yok etmek ister, ancak daleklerin yaptığı androidde bomba bulunmaktadır ve Dünya'yı yok etmekle tehdit ederler. Doktor, onları yok etmekten vazgeçer ancak dalekler yine de geri sayımı başlatır. Doktor ve Amy, Bracewell'i insan olduğuna ikna eder ve geri sayımı iptal eder.

Doktor ve Amy birlikte müzede gezerken Doktor eski Gallifrey alfabesi ile kendisine gönderilmiş bir mesaj görür. İzlediği videoda kendisine koordinatları verilen yere giden Doktor TARDIS'in kapısını açar ve River'i tutar. River'a verilen görev düşen uzay gemisinde ki Ağlayan Meleği rahipler yardımı ile etkisiz hale getirmek. Ancak herşey Doktor ve River'in istediği gibi gelişmez. Amy bir Ağlayan Melek yansımasının gözüne bakar ve Ağlayan Melek'e dönüşmeye başlar. Doktor, River ve Rahipler bir anda binlerce Ağlayan Melek'in ortasında kalır.

Ağlayan Meleklerden kaçmaya çalışan grup kendilerini Byzantium'un yukarısında bulur. Geminin içinde Amy'nin yatak odasına benzeyen bir çatlak görünür. Doktor, Bu çatlağın 26 Haziran 2010 tarihinde bir patlamaya neden olduğunu ve oraya bakan kişilerin evrenden silindiğini keşfeder. Bu arada, önceki bölümde Ağlayan Meleğin gözüne bakan Amy'nin gözünün içine bir Ağlayan Melek girmiştir. Amy yaşamak için gözlerini kapalı tutması gerekmektedir. Doktor Amy'nin Birincil Uçuş Güvertesi'ne gözleri kapalı gelebilmesi için talimat verirken River Amy'yi güverteye ışınlar. Güvertedeki kalkan kalkar ve Amy'nin gözündeki de dahil tüm Ağlayan Melekler çatlağın içerisine çekilir. Böylece Ağlayan Melekler tarihten silinmiş olur. Amy eve gitmek ister ve Doktor, Amy'yi evine götürür. Amy, 26 Haziran 2010 tarihinde Rory ile düğününün olduğunu söyler.

Doktor, Amy ve Rory kendilerini iki gerçeklik arasında bulurlar. Birinde Amy ve Rory mutlu bir evlilik yaşamaktadır. Ancak bir uzaylı ırkı tarafından ele geçirilen yaşlılar tarafından takip edilmektedirler. Diğerinde ise gücü kalmayan TARDIS soğuk bir yıldıza doğru sürüklenmektedir. Rüya Lordu (Toby Jones) olarak bilinen bir adam onlara iki hayattan birinin gerçek, birinin ise rüya olduğunu söyler ve birini seçmelerini ister. Bundan kurtulmanın yolu ise rüyada ölmektir. Ancak hangisinin rüya olduğunu anlamazlar. Evliliklerinin olduğu gerçeklikte Rory ölünce Amy bunun rüya olduğuna karar verir. Çünkü Rory'siz bir hayatı istemez. Bu rüya olayına neden olan TARDIS'te bulunan psişik polenlerdir. Bu psişik polenler Doktor'un kendisinden nefret ettiği bu karanlık tarafını ortaya çıkarmıştır.

Doktor, Amy ve Rory 2020 yılına Galler'e gider. Dr. Nasreen Chaudhry (Meera Syal) ve Tony Mack (Robert Pugh) bir maden deneyi için yeri delme çalışması yapmaktadır. Mack'in damadı Mo (Alun Raglan), toprağın altına sürüklenir. Daha sonra aynı şey Amy'nin başına da gelir. Doktor, yerin altında yaşayan sürüngen insansı türü olan Silurianların bu çalışmadan rahatsız olduğunu anlar. Mo'nun oğlu Elliot'ı (Samuel Davies) da kaçırırlar. Rory ve Doktor, Silurianlardan biri olan Alaya'yı (Neve McIntosh) kaçırır. Doktor; Rory, Tony ve Mo'nun karısı Ambrose'a (Nia Roberts) Alaya'yı yalnız bırakmalarını ve ona yapılacak bir eylemin savaş çıkmasına neden olacağını söyler. Aşağıda bir Silurian Mo'ya yaptığı gibi Amy'ye bir deney yapmak üzeredir. Doktor ve Nasreen TARDIS'e geçip Silurian medeniyetine doğru yol alır.

Amy ve Mo deneyden kaçarlar ve Elliot'ın bir gözlem odasında tutulduğunu görürler. Doktor yakalanır ve Alaya'nın kardeşi Restac (Neve McIntosh) idam emri verir. O arada Amy ve Mo gelir. Rory, Tony ve Ambrose ile iletişim kurarlar. Doktor, onlara Alaya'yla beraber gelmelerini ve bunun karşılığında yeryüzüne özgür bir şekilde döneceklerini söyler. Ancak Alaya Tony'yi zehirlediği için Ambrose Alaya'yı öldürmüştür. Yine de Silurianlar ile bir anlaşma yaparlar. İnsanlar henüz gezegeni paylaşmaya hazır olmadığı için Silurianlar bin yıllık bir uykuya yatırılacaktır. Tony iyileşmek için arındırma işleminden geçmesi gerekmektedir. Ama zamanları yoktur. Tony yer altında kalmaya karar verir. Bunun üzerine Nasreen de onunla birlikte olmak ister. Mağaradan çıkarlarken duvarda Byzantium'daki çatlağın aynısını görürler. Doktor araştırmak için kolunu çatlağa uzatır ve TARDIS'in bir parçası eline gelir. O arada Restac, Rory'yi vurur ve Rory ölür. Çatlak onu silmeye başlar. Amy Rory'yi unutur.

Doktor ve Amy bir müzeye gider. Doktor Vincent van Gogh'un çizdiği The Church at Auvers resminde kilisenin pencerelerinde bir yaratık görür. Doktor, Amy'yi Vincent van Gogh (Tony Curran) ile tanışmak ve yaratığı yenmek için oraya götürür. Van Gogh Amy ve Doktor'u evinde ağırlar. Doktor ile beraber Krafyis adındaki bu yaratığı bulmak için çalışır. O yaratığı sadece van Gogh görebilmektedir. Yaratığın kaybolmuş ve kör olduğunu anlarlar. Van Gogh yaratığı öldürür ve bunu yaptığına çok üzülür. Ayrılmadan önce Doktor ve Amy, insanların kendisine hayran olduğunu göstermek için van Gogh'u müzeye götürür.

TARDIS bir cisimlenememe sorunu yaşarken Doktor dışarı çıkar. Günümüz Colchester'ındadır. Ancak Amy içeride kalır ve TARDIS ortadan kaybolur. Yakınlarda insanların ikinci kattan gelen bir yardım çağrısı üzerine içeri girdiği ama bir daha çıkamadığı bir ev vardır ve TARDIS bundan rahatsız olmaktadır. Doktor, o evin sahibi olan Craig Owens ile (James Corden) tanışır ve evi kiralar. Craig'in Sophie adında yakın bir arkadaşı vardır ve ona aşkını itiraf edememektedir. Sophie de ikinci kata çıktıktan sonra Doktor ve Craig ikinci kata girer ve Doktor burasının aslında var olmadığını ve algı filtresi tarafından gizlenen bir uzay gemisi olduğunu keşfeder. Dışarıdan alınan insanlar ise pilot olarak denenmektedir. Ama insan beyni buna dayanamamaktadır. Craig neden evden ayrılmak istemediğini ve Sophie'yi sevdiğini söyleyince geminin algı filtresini bozar ve gemi evden ayrılır. TARDIS de cisimlenmesini tamamlar. En son Amy, TARDIS'te Rory'nin nişan yüzüğünü görür.

River Song, Doktor ve Amy'yi M.S. 102 yılına çağırır ve Vincent van Gogh'un gördüğü rüyalar üzerine çizdiği TARDIS'in patlaması resmini alır ve Doktor ve Amy'ye gösterir. Ayrıca resim Stonehenge'in koordinatlarını göstermektedir. Stonehenge'in altında, en güçlü ve en tehlikeli bir yaratık için inşa edilen bir hapishane olan Pandorica'yı keşfederler. Ancak Pandorica açılınca boş olduğu ortaya çıkar. Doktor'un tüm düşmanları bir ittifak oluşturup bu hapishaneyi Doktor için hazırlamışlardır. Oluşan çatlaklar TARDIS'le bağlantılıdır. Bulundukları yer de Amy'nin anılarından inşa edilmiş bir tuzaktır ve orada bulunan tüm Romalılar aslında Auton'dur. O Romalılardan birisi de Rory'dir. Amy, Rory'yi hatırlar ancak Rory bir Auton olduğu için istemeden Amy'yi vurur. Bu arada TARDIS, River'ı 26 Haziran 2010 tarihine Amy'nin evinin bahçesine götürür. Orada olanların Amy'nin anılarından oluşturulduğunu anlar. TARDIS'e dönen River TARDIS'in kontrolünü kaybeder. TARDIS patlar.

Gelecekteki Doktor Rory'nin yanına girdap manipülatörüyle ışınlanır ve sonik tornavidasını Rory'ye verir. Rory tornavidayı kullanarak Pandorica'yı açar ve Doktor'u oradan çıkarır ve sonra Amy'yi iyileştirici etkisi olan Pandorica'ya koyar. Ancak Amy'nin iyileşmesi için Pandorica'nın 2000 yıl sonra açılması gerekmektedir. Bu yüzden Doktor, o yıllarda yedi yaşında Amelia'ya o yılda bir müzede olacak Pandorica'ya gitmesi için 1996'ya gidip Amy'nin evinin kapısından yazdığı adresi atar. Doktor, tarih çökerken patlayan TARDIS'in içinde kalan River'ı oradan kurtarır. Tarihi silen çatlaklardan kurtulmak için tarihin yeniden başlaması gerektiğini anlar. Bunun için Pandorica'yı tarihteki her noktada patlayan TARDIS'e uçurur ve tüm zamana ve uzaya yayılır. Ancak bu patlamanın ortasında olan Doktor tarihten silinir. Amy ve Rory'nin düğün tarihi gelir ve Amy düğünde Doktor'u hatırlar.