Donna ve Doktor diyet hapları bir devrim yapan Adipose Şirketi'nde karşılaşır. Uzaylı Bayan Foster'ın yaptığı bu haplar, insanların yağlarını beyaz Adipose adlı küçük uzaylılara dönüştürmektedir. Doktor ve Donna bunu durdurmaya çalışır.

Doctor Who'nun bu bölümünde Doktor ve Donna, Pompeii topraklarında iken MS. 79 Vezüv Yanardağı patlar. Doktor bir ahlaki ikilemle yüzleşir: kendini bu durumdan kurtarmalıdır ya da Pompeii nüfusunu kurtarmalıdır. Doktor'un Pompeii'deki faaliyetleri kaya benzeri Pyrovile tarafından engellenir ve diğer müttefiği, Kızkardeşi Sybilline, insanları Pyrovile-llere dönüştürmek için volkanı kullanır.

Bu bölümde 4126 yılında bulunan bir gezegende Ood-Küre yer almaktadır. Doktor ve onun yol arkadaşı Donna Noble hizmet etmekten mutlu olan Ood'ları satan bu şirketi araştırmaya başlar. İşlenmemiş bir Ood grubu bulurlar ve onlara yapılanları görürler.

Doktor ve Martha UNIT şirketinde dünya çapında neredeyse 400 milyon arabada bulunan ATMOS (Atmospheric Omission System) adlı yeşil teknoloji devrimi bir teknolojiyi öğrenir. Ancak daha sonra bu teknolojinin Sontaranlardan gelen bir atmosfer zehri olduğu ortaya çıkar.

Sontaranlar'ın hain planı devrede! Öldürücü bir gaz çoktan bütün atmosfere yayılmaya başladı bile. Donna Noble ailesinin güvenliğini sağlamaya çalışıyor. Ama "tanıdık" klonlar ona engel olabilir.

"The Poison Sky" bölümünün sonunda Martha'nın çıkmasına izin vermeyen TARDIS; Doktor, Martha ve Donna'yı Messaline gezegenine götürür. TARDIS'ten çıktıktan sonra General Cobb'un askerleriyle karşılaşırlar. Askerler zorla Doktor'un kolunu progenasyon makinesine sokarlar. Doktor'un DNA'sıyla asker bir kız ortaya çıkar. Biraz sonra gezegenin diğer halkı Hath'lerle yüzleşirler. Saldıran Hath'ler Martha'yı rehin alır. Asker kız, Martha'nın da olduğu diğer tarafa tuzak kurarak koridorun patlamasına neden olur. Askerler, Doktor ve Donna'yı komuta merkezindeki General Cobb'a götürürler. Yolda Donna, adı olmayan asker kıza "Jenny" adını verir. Koridorun diğer tarafında Martha ayılır ve yanındaki yaralı Hath'i görünce ona yardım eder. Böylece Hath'lerin güvenini kazanır. Hath'ler, Martha'yı kendi konuta merkezine götürürler. Bu arada Doktor ve Donna, General Cobb ile tanışır. General, onlara başlangıçta Hath'lerle beraber yaşadıklarını, ama "Kaynak" adında bir şey için aralarında anlaşmazlık çıktığını ve uzun süredir savaştıklarını söyler. İki taraf da bu kaynağın Yaratıcı'nın nefesi olduğuna inanmaktadır. Doktor, yanlışlıkla Cobb'a kaynağın yerini bulur. Hath'lerin tarafında ise Martha bilmeden kaynağın yerini yorumlar ve iki taraf da kaynağa doğru yönlenir. Cobb, Doktor ve Donna'yı savaşa katılmaları için ikna etmeye çalışır. Ama, onlar kabul etmeyince Jenny ile beraber zindana atılırlar. Jenny, çekiciliğini kullanarak onlara nöbetçilik yapan askeri kandırarak etkisiz hâle getirir. Zindandan kaçarlar. Doktor, başlangıçta Jenny'nin bir eko olduğunu söyleyerek Zaman Lordu olmasını reddeder. Ama beraber geçirdikleri zaman boyunca onu kabul etmeye başlar. Doktor, Donna'ya daha önce çocuğu olduğunu ama Zaman Savaşı'nda hepsinin gittiğini, Jenny'nin de kendisine Gallifrey'deki her şeyi hatırlattığını söyler. Ayrıca, geçtikleri kapılarda bulunan numaralar Donna'nın dikkatini çeker. Bu arada Martha, bir Hath ile kaynağı askerlerden önce bulmak için kendi yoluna gider. Gezegenin yeryüzüne çıkarlar. Ancak, Martha bataklığa düşer ve onu kurtarmaya çalışan Hath kendini feda eder. Bunun üzerine harap olan Martha, kaynağın yakınlarında Doktor ve Donna ile karşılaşır. Donna sonunda, kapılarda yazan numaraların, bulunduğu odanın yapılış tarihi olduğunu anlar. Savaş da aslında yedi gün önce başlamıştır. İnsanlar ve Hath'ler, progenasyon makinesiyle pek çok nesil yetiştirdiği için tarihleri bozularak efsane hâline gelmiştir. Doktor, bu savaşın nedeninin ilk komutanlarının ölmesiyle yeni liderin kararlaştırılmadığı için olduğunu anlar. Kaynağa vardıklarında bir uzay gemisiyle karşılaşırlar. Orada dünyalaştırıcı bir cihaz bulurlar. Bu arada iki taraf da oraya varır. Doktor, savaşın bittiğini ilan ederek dünyalaştırıcı cihazı yere fırlatır. Gezegen canlanmaya başlarken Cobb dışında herkes silahlarını bırakır. Cobb, Doktor'u vurmaya çalışır. Jenny, Doktor'un önüne çıkar ve göğsüne bir kurşun alır. Jenny Doktor'un kollarında ölürken Doktor ağlar. Doktor sinirli bir şekilde askerler tarafından etkisiz hale getirilen Cobb'un silahını alarak onun kafasına dayar. Ama vurmaz. Kızgınlıkla silahı bir kenara fırlatır. İnsanlar ve Hath'ler arasında barışa dayalı yeni bir toplum inşa ettiğini söyler. Jenny'nin cesedi cenaze töreni için tutulur. Doktor ve Donna, Martha'yı evine bırakır. Martha, Donna'ya gördüğü ölümlerin ve yıkımların üstesinde gelemediğini, Doktor ile seyahat etmenin tehlikeli olabileceğini söyler. Donna buna rağmen hep Doktor ile kalacağını söyler ve Martha'ya veda ederek TARDIS'e döner. Doktor, Martha ile konuşup birbirine veda eder. Martha evine koşar. Bu arada Messaline'de Jenny aniden yaşama döner. Daha sonra bir rokete binerek gezegeni terk eder.

Doktor ve Donna, bir gezegenin tamamını kaplayan bir kütüphaneye seyahat ederler, ama terkedelmiş bir şekilde bulunca şaşırırlar. Kısa bir süre sonra, River Song (Alex Kingston) önderliğindeki arkeolog ekibiyle birleşirler, kütüphane ziyaretçilerinin bir asır önce ansızın kayboluşlarını araştırırlar. Vashta Nerada'yı keşfederler, gölgelerde yaşayan etobur yaratıklar güvenilirlerdir ve gölgelerin dışında kalmaya kalkışırlar.

Doktor, Donna, Strackman Lux ve tabi ki River Song'un gölgeler içinde yaşayan mikroskobik yaratıklar olan Veshta Nerada'ya karşı mücadelesi sürüyor.Doktor bu sırada Lux'la ilgili gerçeği anlar:Lux'un büyükbabası, bu "kütüphane"yi kızı için yapmıştır. Şimdi Veshta Nerada'dan başka sorunları da vardır.

Doctor ve Donna, Midnight gezegeninde Sapphire Nehri'ne gidiş-geliş bir otobüs gezisine katılırlar. Doktor, kazara otobüs sistemini bozar, bunu kimse anlamaz.Daha yolun yarısındayken, otobüs durur.Şoförler bunu mikropetrol motorlarındaki bir soruna yorar. Bu olay, yaşayacaklarının yanında hiçtir: "Gökyüzü" onlarla konuşur!

Gittikleri bir sonraki gezegende, Donna bir medyuma gidip kendi geçmişini sorar.Bundan sonra, belki de dizinin en sıradışı macerası yaşanacaktır: Şimdiye kadar yaşanan olaylar, alternatif bir şekilde gelişecektir. Örnek mi? Titanik Noel özel bölümünde olanın aksine Dünya'ya çarpar, Sontaranlar Torchwood'u yok eder!

Doktor ve onun yol arkadaşı Donna Noble, TARDIS'te "Turn Left" bölümünün sonundaki Rose Tyler hakkında konuşurlarken Dünya kendi konumunun dışına ışınlanır. Bunu öğrendikten sonra Doktor, Dünya'yı bulmak için Donna'yla evrensel bir polis gücü olan Gölge Bildirgesi'ne gider. Dünya, Adipoz III, Pyrovilya, ve Poosh'un kayıp Ay'ı dahil 27 gezegenin kaybolduğunu öğrenirler. Donna, Dünya'daki arıların ortadan kaybolduğunu söyler. Bunun üzerine Doktor, Donna'yı alıp evrenlerarası bir çatlak olan Medusa Şelalesi'ne gider. Ancak gezegenler konsoldaki ekranda görünmez ve Doktor umutsuz bir şekilde durur. Davros ve kırmızı renkli Yüce Dalek önderliğindeki bir Dalek ordusu, insanlığın sert direnişine rağmen hızlıca Dünya'ya boyun eğdirir. UNIT'in New York şehrindeki merkezleri ve onların Valiant adlı uçak gemileri yok edilir. Dalek Caan, acil durum geçici vardiyasıyla Zaman Savaşı'na gitmiş ve oradan Davros'u kurtarmıştır. Tüm savaşın zamana kilitlenmesine rağmen Zaman Savaşı'na giren Caan aklını yitirip kâhin özellikleri kazanmıştır. Doktor'un eski yol arkadaşları Kaptan Jack Harkness, Martha Jones, Sarah Jane Smith ve Rose Tyler farklı yerlerde gizlenir. Jack, takımıyla Torchwood Merkezi'nde (51°27′50″K 3°09′51″B) gizlenmektedir. Martha, Sontaranlardan geriye kalan bir deneysel ışınlanma cihazı olan Indigo Projesi'ni kullanarak "Osterhagen Anahtarı" ile UNIT'in New York merkezinden kaçar. Bu anahtar son çare olan nükleer silah sistemini çalıştırmaktadır. Sarah Jane, oğlu Luke Smith ve süper bilgisayarı Bay Smith ile evde kalır. Rose, Donna'nın annesi Sylvia Noble ve büyükbabası Wilfred Mott'u bularak onların evine gelir. Başbakan Harriet Jones, Bay Copper (Doktor'un "Voyage of the Damned" bölümünde tanıştığı insansı uzaylı) tarafından tasarlanan gizli bir "altdalga ağı" sayesinde acil olarak Rose hariç hepsi ile bağlantı kurar. Daha sonra hep beraber ağın sinyalini güçlendirerek Doktor'la bağlantı kurmaya çalışırlar. Sarah, Bay Smith'in bilgisayar gücünü kullanır ve Torchwood, Cardiff'teki uzay-zaman yarığının tüm gücünü kullanır. Böylelikle sinyal Doktor'a iletir. Ağ güçlendiği için Dalekler'e de iletilmiş olur. Sinyalin merkezini takip eden Dalekler, ağı Torchwood'a transfer eden Harriet Jones'u öldürür. Doktor, zamansal bir senkronizasyonun dışında cep evrene konan Dünya'nın yerini saptar. Bölümün sonuna doğru TARDIS, Dünya'ya iner. Doktor da ağa katılır. Sonra sinyali çalan Davros da ağa katılır ve Doktor'a sataşarak zafer kazandığını söyler. Doktor iletişimi kesip yol arkadaşlarıyla toplanmaya hazırlanır. Doktor, cep telefonuyla kendisini arayan Rose'un da olduğu sokağa çıkar. Rose'u bir anda karşısında gören Doktor, ona doğru sarılmak niyetiyle koşar. Ama koşarken bir Dalek tarafından vurulur. Anında oraya ışınlanan Jack, Dalek'i vurur. Rose ve Donna'dan Doktor'u TARDIS'e taşımak için yardım ister. Doktor'u TARDIS'e taşırlar. Jack ve Rose, durumu Donna'ya anlatmaya çalışırken Doktor rejenerasyon geçirmeye başlar.

Bölüm, Doktor (David Tennant), TARDIS'in içinde rejenerasyon geçirirken başlar. Doktor, vücudu yenilenirken rejenerasyon enerjisini daha önce kesilen ve kap içinde bulunan eline (The Christmas Invasion) transfer eder. Böylece yüzü değişmez. Bu arada Dalekler TARDIS'in etrafını çevirir ve TARDIS, Dalek gemisi Crucible'a taşınır. Daleklerin zorlamasıyla Doktor, Jack Harkness (John Barrowman) ve Rose Tyler (Billie Piper) TARDIS'ten çıkar. Ancak Donna Noble (Catherine Tate) içeride kilitli kalır. Yüce Dalek, TARDIS'i imha etme emri verir. İşlem sırasında Donna, Doktor'un kesilmiş elinin olduğu kaba dokunur. Elde depolanan enerji ile yeni bir Doktor oluşur. Aynı zamanda, Torchwood'da Gwen Cooper (Eve Myles) ve Ianto Jones (Gareth David-Lloyd) aşılmaz bir zaman balonunda güvenli şekilde kalır. Daha sonra Crucible gemisine kendilerini Daleklere yakalatan Sarah Jane Smith (Elisabeth Sladen), Rose'un eski erkek arkadaşı Mickey Smith (Noel Clarke) ve Rose'un annesi Jackie Tyler (Camille Coduri) getirilir. Osterhagen Anahtarı'yla beraber Martha Jones (Freema Agyeman) Nünrberg'de bir kalenin yakınlarına ışınlanır. Doktor ve Rose, Davros (Julian Bleach) tarafından görünmez bir tutukevinde tutulmaktadır. Davros, atomların elektrik enerjisini iptal edebilen bir sıkıştırma alanından çalınan yirmi yedi gezegeni açıklar. "Gerçeklik Bombası" ile her evrendeki tüm maddeleri yok etme potansiyelinin olduğunu söyler. Cihaz test edildikten sonra Dalekler iki sinyal alır. Sarah, Mickey, Jack ve Jackie, Sarah Jane'in "Warp yıldızı"nı kullanarak Crucible'ı yok etmekle tehdit ederken Martha, kullanılacağı takdirde Dünya'nın yok olmasına neden olacak Osterhagen Anahtarı ile tehdit eder. Böylece Doktor'a duydukları güvenle yol arkadaşları, Davros'a meydan okur. Yüce Dalek, meydan okuyan yol arkadaşlarını Crucible'a, Davros'un önüne ışınlar. Davros, gerçeklik bombasını patlatmaya hazırlanmadan bir anda karşısına TARDIS cisimlenir. Doktor'un klonu ve Donna, gerçeklik bombasını Daleklere yönlendirmeye çalışır. Ama Davros, ikisini de elektrikle etkisiz hâle getirir. Cihazı da yok eder. Bu, Donna'ya Zaman Lordu bilgilerinin yüklenmesine neden olur. Aslında Doktor'un klonu oluşurken olan bu işlem Donna da gizliyken Davros bilmeden bunun açığa çıkmasını tetiklemiştir. Donna, gerçeklik bombasını devredışı bırakır. İki Doktor, Daleklerin etkisizleştirilmesine yardım ederken gezegenler yerine geri yollanır. Dünya da taşındıktan sonra kontrol panelini yok ederler. Klon Doktor, Dalek Caan'ın kehanetine göre hareket ederek Dalekleri ve Crucible'ı imha eder. Gerçek Doktor Davros'a yardım teklif eder, ama Davros teklifi geri çevirir. Doktor'u "Evren'in Yok Edicisi" olarak anacağını söyler. Yol arkadaşları TARDIS'e girer ve TARDIS'i Sarah'nın süper bilgisayarı Bay Smith, robot köpeği K-9 ve Cardiff'in uzay-zaman yarığı yardımıyla yedekler. Bölümün sonunda yol arkadaşları kendi yoluna gider. Sarah evine oğlu Luke'un yanına döner. Martha ve Mickey, Jack ile beraber gider. Doktor, Rose ve Jackie'ye dönerek onları paralel evrene ("Doomsday") geri yollar. Dünya'nın paralel evrenler arasındaki duvarları yeniden kapanacaktır. Doktor, yarı insan olan klonunun soykırım yaptığı için ve ayrıca duyguları da aynı olduğu için Rose'la beraber paralel evrende kalmasını ister. Bir kalbi olan klon Doktor, Rose ile yaşlanıp ölebilecektir. Doktor, onları bırakıp TARDIS'e döner. Donna'nın insan beyni Zaman Lordu bilgilerini kaldıramadığı için başı ağrımaya başlar ve bu Donna'yı öldürecektir. Bu yüzden Doktor, Donna'dan kendisiyle ilgili tüm anıları silmek zorunda kalır. Donna'yı eve götürür. Bunu Donna'nın annesi Sylvia (Jacqueline King) ve büyükbabası Wilfred Mott'a (Bernard Cribbins) açıklar. Donna'nın kendisini kesinlikle hatırlamaması gerektiğini, yoksa öleceğini söyler. Doktor ayrılırken Wilfred, torununun adına Doktor'u hatırlayacağına söz verir.