1963 yılının Soğuk Savaş gölgesinde geçen film, sessiz bir dünyada yaşayan Elisa Esposito'nun hayatına odaklanır. Dilsiz olan Elisa, gizli bir devlet laboratuvarında temizlikçi olarak çalışmakta ve yalnızlığını meslektaşı Zelda ile kurduğu sıradan dostlukla hafifletmektedir.

Elisa'nın monoton rutini, laboratuvarda gizlice tutulan amfibi bir yaratığı keşfetmesiyle tamamen değişir. Su altı canlısına benzeyen bu varlıkla arasında, kelimelere ihtiyaç duymayan güçlü bir bağ oluşur. İki yalnız ruh, sessiz bir anlayış ve merakla birbirine yaklaşırken, Elisa'nın duyguları beklenmedik bir aşka dönüşür.

Yaratığın varlığı, laboratuvarın acımasız yöneticisi Strickland tarafından tehdit altına alınır. Elisa, sevdiği varlığı kurtarmak için tehlikeli bir plan yapmak zorunda kalır. Bu süreçte, sessizliğin ve farklılıkların ötesine geçen bir sevginin gücü, her şeyi göze alacak bir mücadeleye dönüşür.