Clark Kent, Daily Planet’te stajyer muhabir olarak çalışırken bir yandan da yeni keşfettiği güçlerini kontrol etmeyi öğrenir. Ancak Metropolis’e tehlikeli bir uzaylı avcısı olan Lobo’nun gelmesiyle işler karışır.

Lobo, bir suçluyu yakalamak için Dünya’ya gelmiştir ve bu suçlu, Krypton’dan gelen bir genetik deney olan Bizarro’dur. Clark, hem kimliğini gizli tutmak hem de masumları korumak için süper güçlerini kullanmak zorunda kalır.

Bu sırada, Lex Luthor da Bizarro’yu kendi çıkarları için kullanmaya çalışır. Clark, bir yandan Lobo’nun acımasız yöntemleriyle başa çıkarken diğer yandan Bizarro’nun yıkıcı gücüne karşı koymalıdır.

Lois Lane ise bu tuhaf olayların peşine düşer ve Clark’ın sırlarını keşfetmeye bir adım daha yaklaşır. Film, Superman’in köken hikâyesine yeni bir bakış sunarken onun insanlıkla kurduğu bağı ve ahlaki değerlerini ön plana çıkarır.

Clark, kendini kanıtlama mücadelesi verirken bir kahraman olmanın sadece güçle değil, doğru seçimler yapmakla ilgili olduğunu öğrenir.