17. yüzyılda Japonya, Hristiyanlığı tamamen yasaklamış ve inananlara karşı acımasız bir baskı uygulamaktadır. Bu ortamda, kayıp akıl hocaları Peder Ferreira'yı bulmak ve gizlice Hristiyanlığı yaymak için yola çıkan iki Cizvit rahip, Rodrigues ve Garrpe, ülkeye ayak basar. Vardıklarında, Japon yetkililerin Hristiyanları sistematik bir şekilde avladığını ve işkenceyle inançlarından vazgeçirmeye çalıştığını görürler.

Saklanarak faaliyetlerini sürdüren rahipler, bir yandan Ferreira'nın izini sürerken bir yandan da yerel halkın gizli inancına tanıklık eder. Ancak yakalandıklarında, Japon engizisyoncuları onları zorlu bir seçimle karşı karşıya bırakır: ya inançlarından dönecekler ya da işkence gören diğer Hristiyanların acılarına ortak olacaklardır. Bu süreçte Rodrigues, sessiz kalan tanrının varlığını ve inancının sınırlarını sorgulamaya başlar.

Rodrigues, işkencelerin ve ölümlerin ortasında, Ferreira'nın aslında inancından dönerek Japon sistemine hizmet ettiğini öğrenir. Bu ihanetle yüzleşen rahip, kendi inancı ile Japon yetkililerin dayattığı fiziksel ve ruhsal işkenceler arasında sıkışıp kalır. Sonunda, sessizliğin ve tanrının yokluğunun ağırlığı altında, inancının gerçek anlamını ve fedakarlığın sınırlarını sorgulayan derin bir içsel mücadeleye girer.