Tokyo'da yaşayan lise öğrencisi Taki ve kırsal bir kasabada sıkışmış hisseden Mitsuha, bir sabah kendilerini hiç tanımadıkları birinin bedeninde bulurlar. Bu gizemli değişim, rüyalar aracılığıyla düzensiz aralıklarla tekrarlanır.

İkili, birbirlerinin hayatlarını yaşarken notlar bırakarak iletişim kurmaya çalışır, ancak bu durumun ardındaki gerçeği çözmek hiç kolay olmaz. Zamanla bu tuhaf bağlantı, aralarında güçlü bir duygusal bağ oluşturur.

Taki, Mitsuha'yı bulmak için yola çıktığında, onun kasabasının aslında üç yıl önce bir kuyruklu yıldız felaketiyle yok olduğunu keşfeder. Bu noktada, beden değişiminin sadece bir rüya olmadığını, zamanı ve kaderi aşan bir bağlantı olduğunu anlar.

Felaketi önlemek için zamana karşı bir yarış başlar. Taki, Mitsuha'nın geçmişine ulaşarak kasabayı uyarmaya çalışırken, ikilinin hafızaları silinmeye başlar.

Birbirlerinin adını ve yüzünü unutma tehlikesiyle karşı karşıya kalan Taki ve Mitsuha, kaderin onları bir araya getiren kozmik döngüsünü kırmak için ellerinden geleni yapar.