Scooby-Doo'nun en unutulmaz macerası, onun en yakın dostu Shaggy ile nasıl tanıştığını anlatarak başlıyor. İki arkadaşın yolları, genç dedektifler Fred, Velma ve Daphne ile kesişir ve gizem çözme tutkuları, hepsini efsanevi Mystery Inc.

ekibini kurmaya götürür. Bu beklenmedik takım, ilk kez bir araya gelerek çözmeye ant içtikleri binlerce vakadan en büyüğü ile karşı karşıya kalır.

Karşılarına çıkan tehdit, şimdiye kadar yüzleştikleri her şeyden daha karmaşık ve tehlikelidir. Scooby ve dostları, sadece arkadaşlıklarını değil, tüm dünyayı kurtarmak için tüm cesaretlerini ve zekalarını toplamak zorundadır.

Bu macera, onları kuruluşlarının temeline götürürken, gerçek bir ekip olmanın ne anlama geldiğini de öğretecektir.