Scooby Doo ve arkadaşları, bu kez çölün ortasında geçen bir gizemi çözmek için yola koyulur. Yolculukları sırasında araçlarının bozulmasıyla ıssız bir bölgede mahsur kalan ekip, gökyüzünde beliren tanımlanamayan bir cisimle karşılaşır. Bu olay, onları bölgedeki tuhaf olayların izini sürmeye iter.

Yerel halkla yaptıkları görüşmeler, çevrede uzun süredir dolaşan uzaylı söylentilerini gün yüzüne çıkarır. Kaybolan insanlar ve uçan daire gözlemleri, çölü daha da esrarengiz kılmaktadır. Scooby ve ekibi, bu sıra dışı iddiaların ardındaki gerçeği ortaya çıkarmak için harekete geçer.

Araştırmalar derinleştikçe, yüksek duvarlarla çevrili gizemli bir alana ulaşırlar. Kavurucu sıcak altında ilerleyen ekip, hem uzaylı efsaneleriyle hem de beklenmedik tehlikelerle yüzleşmek zorunda kalır. Her adımda yeni bir sürprizle karşılaşan grup, çölün sırlarını çözmek için korkularının üstesinden gelmeye çalışır.