Gizem Çetesi, ünlü korku yazarı Ben Ravencroft'un davetiyle Oakhaven kasabasına sonbahar festivaline katılmak üzere gelir. Şehir hayatının gürültüsünden uzaklaşıp sakin bir tatil yapmayı planlayan Scooby-Doo ve arkadaşları, kasabanın huzurlu atmosferinde dinlenmeyi umar. Ancak planları, yazarın cadılıkla suçlanan atası Sarah Ravencroft'un hayaletine dair söylentilerle altüst olur.

Kasaba halkı, Sarah'ın hayaletinin ortaya çıktığına inanarak paniğe kapılır. Gizem Çetesi, bu doğaüstü olayın ardındaki gerçeği araştırmak zorunda kalır. Scooby ve Shaggy, New England'ın sisli ormanlarında cadılarla ve büyülerle dolu bir maceraya atılırken, diğer ekip üyeleri kasabanın karanlık sırlarını gün yüzüne çıkarmaya çalışır.

Ekip, Ravencroft ailesinin geçmişiyle kasabanın efsaneleri arasındaki bağlantıyı çözmeye çalışır. Gerçekler ortaya çıktıkça, hayalet görüntülerinin ardında yatan sırrın beklenenden çok daha farklı olduğu anlaşılır. Gizem Çetesi, gerçekle hayalet arasındaki ince çizgide ilerleyen bu serüvende, Oakhaven'ın en büyük gizemini çözmek için tüm becerilerini kullanır.