Scooby-Doo!: Sihirli Hayalet, 1999 yapımı bir animasyon olarak Gizem Ekibi’ni Massachusetts'in Oakhaven kasabasına taşıyan oldukça farklı bir deneme. Jim Stenstrum yönetimindeki bu yapım, Scott Innes, Mary Kay Bergman, Frank Welker, B.J. Ward ve Tim Curry gibi isimlerin seslendirmeleriyle hayata geçiyor. Korku yazarı Ben Ravencroft’un daveti üzerine gelişen olaylar, ekip için her zamanki maskeli kötü adam rutininden çıkıp gerçek doğaüstü güçlerin dahil olduğu bir sürece evriliyor.

İşin aslı, serinin genel alışkanlıklarının aksine sahte hayaletler yerine doğrudan mistik bir tehdide odaklanması filme kendine has bir ton katıyor.

Bu yapımı özel kılan detaylardan biri de Hex Girls grubunun ilk kez sahne alması. On yedinci yüzyıl atmosferini modern dünyayla birleştiren anlatısı, gizemli bir kasabanın arka planında ilerleyen karanlık ama yer yer tebessüm ettiren bir tempoya sahip. Scooby-Doo on Zombie Island veya Alien Invaders gibi, serinin karanlık ve biraz daha olgun tınıları tercih ettiği dönemin bir parçası olarak kendi yerini koruyor. Yönetmen Stenstrum, hayalet efsanelerini merkeze alırken türler arası geçişi dengeli bir noktada tutuyor.