Scooby-Doo ve arkadaşları Fantom Virüsü adlı yeni bir düşmanın peşine düşer. Bu kovalamaca sırasında kendilerini beklenmedik bir şekilde bir bilgisayar oyununun içinde bulurlar.

Oyun, ekibin geçmişte yaşadığı maceralardan esinlenilerek hazırlanmıştır. Oyundaki her bölüm, çeteyi farklı bir zamana ve mekana taşır.

Tarih öncesi çağlardan uzayın derinliklerine uzanan bu yolculukta, eskiden alt ettikleri canavarlarla tekrar karşılaşmak zorunda kalırlar. Her seviye, onları bir öncekinden daha zorlu bir mücadeleye sürükler.

Scooby-Doo ve çetesi, oyunun kuralları içinde sıkışıp kalmışken gerçek dünyaya dönmenin bir yolunu ararlar. Fantom Virüsü'nü yakalayıp bu dijital labirentten çıkabilmek için tüm cesaretlerini ve zekalarını toplamaları gerekecektir.