Gotham Şehri'nde gizemli bir tehdit ortaya çıkar. Batman, bu sıra dışı olayları araştırırken, tesadüfen şehre gelen ve benzer bir gizemin peşinde olan Scooby-Doo ile arkadaşlarının yolunu keser.

İki ekip, şehrin altında faaliyet gösteren kötü bir gücün izini sürmek için beklenmedik bir iş birliğine girer. Bu tehlikeli macerada, Batman ve çete, Plastik Adam ve Black Canary gibi Cesur ve Gözüpek Kahramanlar Birliği üyelerinden destek alır.

Ancak karşılarında, Joker, Harley Quinn ve Bilmececi gibi Gotham'ın en azılı suçlularının yanı sıra, Uzaylı Hayalet ve Hayalet Palyaço gibi Scooby-Doo'nun klasik düşmanlarından oluşan korkutucu bir ittifak bulurlar.

İki farklı dünyanın kahramanları, tüm bu kötü güçlerin arkasındaki gerçek beyini ve onların şehri ele geçirme planını ortaya çıkarmak için birleşir. Cesaret, dostluk ve biraz da Scooby atıştırmalıklarıyla dolu bu heyecanlı kovalamaca, kimin gerçek kimin maskenin ardında olduğunu ayırt etmeyi gerektirir.