Adalet Birliği üyeleri bir bir gizemli şekilde ortadan kaybolunca, Scooby-Doo ve arkadaşları bu olağanüstü durumu çözmek için kolları sıvar. Ancak karşılaştıkları tehdit tahmin ettiklerinden çok daha büyüktür ve tek başlarına başa çıkmakta zorlanırlar. Tam umutlar tükenmek üzereyken, beklenmedik bir yardım eli uzanır: Süpermen'in sadık köpeği Krypto, süper güçleriyle ekibe katılır.

Krypto'nun yardımıyla ekip, kayıp süper kahramanları kurtarmak için tehlikelerle dolu bir maceraya atılır. Zekalarını ve cesaretlerini birleştirerek bir dizi şaşırtıcı ipucunun peşine düşerler. Her adımda daha karmaşık hale gelen bu gizem, onları hiç beklemedikleri yerlerde sınavlarla karşı karşıya bırakır.

Scooby, Shaggy ve arkadaşları, Krypto'nun süper güçlerinden de faydalanarak tüm engellere rağmen mücadeleyi sürdürür. Ancak bu kez çözmeye çalıştıkları gizem, sadece Adalet Birliği'ni kurtarmakla kalmayıp kendi dostluklarını ve cesaretlerini de test edecektir.