Ash, Misty ve Brock gizemli bir eğitmenden aldıkları daveti kabul ederek uzak bir adaya yolculuk ederler. Burada dünyanın dört bir yanından gelen diğer eğitmenlerle buluşurlar.

Ancak adada karşılaştıkları şey, sıradan bir Pokémon turnuvasından çok daha farklıdır. Yapay olarak yaratılmış efsanevi Pokémon Mewtwo, kendisini dünyanın en güçlü eğitmeni olarak ilan eder.

Amacı, davet ettiği tüm eğitmenlerin en güçlü Pokémonlarını toplayarak kendi ordusunu oluşturmaktır. Mewtwo, insanların Pokémonları nasıl kullandığını sorgulayan karanlık bir planın arkasındadır.

Ash ve arkadaşları, Mewtwo'nun tehlikeli niyetlerine karşı durmak zorunda kalır. İki efsanevi Pokémon, Mew ve Mewtwo'nun karşılaşması ise sadece bir savaştan öte, yaratılışın ve varoluşun anlamına dair bir çatışmaya dönüşür.

Bu mücadele, Pokémonlar ve eğitmenleri arasındaki bağın gerçek doğasını ortaya koyacaktır.