1944 yılının İspanyasında, iç savaşın yaraları henüz sarılmamışken, on yaşındaki Ofelia annesiyle birlikte üvey babası Kaptan Vidale taşınır. Faşist bir asker olan Vidal, bölgedeki direnişçileri bastırmakla görevlidir. Sert ve acımasız bu adamla anlaşamayan Ofelia, kendini hayal dünyasına verir.

Evlerinin arka bahçesinde keşfettiği gizemli labirentte yarı insan yarı keçi görünümlü Pan adlı bir yaratıkla karşılaşan Ofelia, gerçek dünyadan bambaşka bir alemin kapısını aralar. Pan, Ofelianın aslında kayıp bir prenses olduğunu söyler ve ona üç görev verir. Bu görevler, kızı hem fantastik tehlikelerle hem de karanlık gerçeklikle yüzleştirecektir.

Ofelia, bir yandan üvey babasının vahşeti ve savaşın acımasızlığıyla boğuşurken diğer yandan büyülü dünyanın sınavlarından geçmek zorunda kalır. İki farklı evren arasında sıkışan bu küçük kızın hikayesi, masumiyet ile dehşet arasında gidip gelen unutulmaz bir yolculuğa dönüşür.