Küçük Amélie, sıradan bir kız çocuğunun dünyayı algılayış biçimini ve varoluşun temel sorularına verdiği sıra dışı yanıtları anlatır. Amélie, ailesiyle birlikte yaşadığı evde, günlük hayatın tekdüzeliği içinde kendine özgü bir evren kurar.

Bir gün, bir kutu içinde bulduğu tüpler, onun için sıradan nesneler olmaktan çıkar ve derin bir anlam kazanmaya başlar. Film, Amélie’nin bu tüpler aracılığıyla zaman, ölüm ve kimlik gibi kavramlarla yüzleşmesini izler.

Tüpler, onun için hem bir oyun arkadaşı hem de hayatın gizemini çözmeye çalıştığı bir araç haline gelir. Amélie, bu süreçte ailesinin ve çevresindekilerin farklı dünyalarına dokunurken, kendi iç yolculuğunda da ilerler.

Küçük Amélie, büyüme hikayesini felsefi bir mercekten ele alırken, çocukluğun saflığı ile yetişkinliğin karmaşıklığı arasında bir köprü kurar. Amélie’nin tüplerle olan ilişkisi, izleyiciye hayatın küçük detaylarında saklı büyük anlamları hatırlatır.

Film, sade ama derinlikli anlatımıyla, varoluşun temel sorunlarına dokunan samimi bir portre çizer.