Küçük bir sahil köyünde annesiyle yaşayan Kubo, hikaye anlatıcılığı ve müziğiyle huzurlu bir hayat sürer. Ancak geçmişteki bir lanet, ailesine düşman olan güçlü ruhların onu bulmasına neden olur. Annesinin sihirli telleri sayesinde kurtulan Kubo, hayatta kalabilmek için kayıp babasının efsanevi zırhını aramak zorunda kalır.

Bu tehlikeli yolculukta Kubo'ya bilge bir makak maymunu ve savaşçı bir böcek eşlik eder. Birlikte, babasının zırhının parçalarını bulmak için büyülü yaratıklarla dolu diyarları geçerler. Her adımda Kubo'nun geçmişine dair sırlar ve ailesinin gerçek trajedisi ortaya çıkmaya başlar.

Kubo, karanlık güçlere karşı mücadele ederken kendi hikayesinin gerçek anlamını keşfeder. Müziğin gücü, hatıraların önemi ve sevginin kalıcı etkisi, bu olağanüstü macerada hayati rol oynar.