1929 yılında Faşist İtalya'nın diktatörü Benito Mussolini, Roma İmparatorluğu'nu yeniden canlandırma hayaliyle Libya'yı işgal etmek üzere dev bir ordu gönderir. Ancak İtalyanlar, bu çorak topraklarda karşılarına çıkan düşmanın sadece kum ve çöl sıcağı olmadığını kısa sürede anlar.

Libya halkının önderliğini yapan Ömer Muhtar, geleneksel savaş taktikleri ve çölün zorlu koşullarını lehine kullanarak işgalcilere karşı amansız bir direniş başlatır. Ömer Muhtar, sıradan bir savaşçı değil, aynı zamanda bir öğretmen ve manevi liderdir.

Onun stratejik zekası ve halkına olan sarsılmaz inancı, İtalyanların modern silahlarına ve sayısal üstünlüğüne karşı koymanın tek yoludur. Çölün her köşesine yayılan gerilla saldırıları, Mussolini'nin ordusunu sürekli kanatan bir yaraya dönüşür.

İtalyan komutanlar, bu hayalet gibi savaşan düşmanı durdurmak için giderek daha acımasız yöntemlere başvurur. Film, işgalci güçlerin uyguladığı toplu cezalandırmalar, kamplar ve zorunlu göçler karşısında bile yılmayan bir halkın direniş destanını anlatır.

Ömer Muhtar'ın liderliğindeki bu mücadele, sadece Libya'nın değil, tüm sömürge altındaki halkların bağımsızlık ateşini simgeler. Çöl Aslanı'nın hikayesi, inanç ve azmin en karanlık zamanlarda bile nasıl bir umut ışığı olabileceğini gösterir.