Boynunun arkasındaki barkod dövmesiyle tanınan Ajan 47, genetik mühendisliğin en mükemmel ürünü olarak yaratılmış ölümcül bir klondur. Üstün fiziksel yetenekleri ve keskin zekasıyla donatılan bu savaş makinesi, dünyanın dört bir yanındaki hedefleri etkisiz hale getirirken, kendi kökenlerinin sırrını korumak zorundadır. Ancak yolu, kendisi gibi özel yeteneklere sahip genç bir kadın olan Katia ile kesiştiğinde işler beklenmedik bir hal alır.

Katia, Ajan 47'nin yaratılışı hakkında kritik bilgilere sahiptir ve onu yok etmek isteyen güçlü bir şirketin hedefi haline gelmiştir. İkili, katil klonlardan oluşan bir ordu yaratma planları yapan Syndicate International adlı tehlikeli örgüte karşı birleşmek zorunda kalır. Berlin'den Singapur'a uzanan bu ölümcül kovalamacada, her ikisi de geçmişleriyle yüzleşirken, beklenmedik ittifaklar ve zorlu seçimlerle karşı karşıya kalır.

Ajan 47 ve Katia, hayatta kalabilmek için birlikte mücadele ederken, kendi yaratılışlarının ardındaki gerçekleri ortaya çıkarmaya çalışır. Bu süreçte, genetik araştırmaların karanlık dünyasında dolaşan ikili, hem birbirlerine hem de kendilerine dair şaşırtıcı sırlarla yüzleşir.