Hababam Sınıfı, kızlı erkekli karışık bir şekilde haylazlıklarına kaldığı yerden devam eder. Okula doğulu bir aşiret reisinin oğlu gelir ve kendini sınıfın ağası ilan eder.

Öğrenciler bu yeni arkadaşlarına oyunlar oynayarak onunla eğlenmeye başlar. Okulun yeni asabi hocası, erkek öğrencilere karşı adeta bir düşman kesilmiştir.

Bu gergin ortamda sınıftaki iki öğrenci arasında bir aşk filizlenir ve kız hamile kalır. Çift, gebelik testini yaptırmak için kimya hocası Kalem Şakir’e başvurur.

Ancak Kalem Şakir, incelediği idrar örneğinin kendisine ait olduğunu zanneder. Bu yanlış anlaşılma, okulda büyük bir karışıklığa ve komik olayların yaşanmasına neden olur.

Hababam Sınıfı’nın bu macerası, alışılmadık bir doğum hikayesiyle sonuçlanır.