2014'teki yıkıcı olaylardan sonra, insanlık dünyanın gerçek sahipleriyle yüzleşmek zorunda kaldı. Kripto-zoolojik kuruluş Monarch, gezegenin dört bir yanında uyuyan kadim süper türleri izlemeye ve onları anlamaya çalışırken, hükümetler bu devasa canavarların tamamen ortadan kaldırılması için baskı yapıyor.

Bu gerilim, insanlığın kaderini belirleyecek bir çatışmanın zeminini hazırlıyor. Efsane oldukları düşünülen bu ilkel titanlar, beklenmedik bir şekilde derin uykularından uyanır.

Godzilla, Mothra, Rodan ve üç başlı canavar King Ghidorah gibi kadim varlıklar, dünyanın hakimiyeti için birbirleriyle amansız bir mücadeleye girişir. Ortaya çıkan bu epik savaş, şehirleri harabeye çevirirken, doğanın dengesi de alt üst olur.

İnsanlık, kendi yarattığı silahların gücünün ötesinde bir kaosun ortasında kalır. Bu titanların çarpışması, medeniyeti yok oluşun eşiğine getirir.

Monarch ekibi ve onlara katılanlar, canavarların savaşının arkasındaki gerçeği çözmek ve insanlığın hayatta kalmasını sağlamak için zamanla yarışırken, dünya yeni ve vahşi bir düzene doğru sürüklenir.