Hindistan'da yalnız bir çocukluk geçiren Mary Lennox, ebeveynlerini kaybettikten sonra İngiltere'ye, Yorkshire'daki amcası Archibald Craven'in malikanesine gönderilir. Soğuk ve kasvetli Misselthwaite Malikanesi'nde, yataklara mahkum olmuş kuzeni Colin ile tanışır.

İki yalnız ruh, malikanenin gizemli koridorlarında dolaşırken beklenmedik bir keşif yapar. Çocuklar, uzun süredir unutulmuş, yabani otlarla kaplı büyülü bir bahçenin kapısını aralar.

Bu gizli bahçe, onlar için bir kaçış ve dönüşüm alanına dönüşür. Mary ve Colin, toprağı işleyip çiçekler yetiştirirken, kendi içlerindeki yaraları da iyileştirmeye başlarlar.

Bahçenin canlanışı, malikanedeki hayatı da yavaş yavaş değiştirir. Çocukların bu sihirli buluşma yeri, ailenin geçmişte sakladığı acı sırları gün yüzüne çıkarırken, her birinin kendi kabuğundan çıkmasına ve yeni bir başlangıç yapmasına olanak tanır.