1976 yazında, Tel Aviv'den Paris'e seyahat eden bir yolcu uçağı dört hava korsanı tarafından kaçırılır. Uçak, Uganda'daki Entebbe Havaalanı'na yönlendirilir ve 248 yolcu, uluslararası bir siyasi krizin ortasında rehine olarak tutulur.

Korsanlar, İsrail ve çeşitli Avrupa ülkelerinde bulunan 53 Filistinli mahkûmun serbest bırakılmasını talep eder. Rehineler, havaalanında bir terminal binasında bekletilirken, gerilim giderek artar.

İsrail hükümeti, askeri bir müdahale planlamaya başlar. Zaman daralırken, Uganda'nın lideri İdi Amin'in de sürece dahil olmasıyla durum daha da karmaşık bir hal alır.

İsrail, tarihin en cesur ve riskli kurtarma operasyonlarından birini tasarlar. Uzun mesafeli bir uçuşla Uganda'ya ulaşmayı hedefleyen komandolar, rehineleri kurtarmak ve korsanları etkisiz hale getirmek için hazırlanır.

Her saniyenin önem taşıdığı bu operasyonda, başarı ve trajedi arasındaki çizgi giderek incelir.