Büyük bir hukuk firmasında çalışan avukat Rita, mesleğinde başarılı olsa da adalet duygusundan uzaklaşmıştır. Adaleti sağlamaktan çok suçluları aklamaya yarayan davalar, onu içten içe yıpratmaktadır.

Bir gün, Meksika’nın en korkulan uyuşturucu karteli lideri Manitas, Rita’ya sıra dışı bir teklifle gelir. Manitas, yıllardır gizlice hazırladığı bir planı hayata geçirmek için onun yardımına ihtiyaç duymaktadır.

Manitas’ın planı, cinsiyet uyum operasyonu geçirerek kimliğini tamamen değiştirmektir. Rita, bu tehlikeli ve gizli görevi üstlenirken, bir yandan da kendi kurtuluşunu arar.

Operasyonun ardından Manitas, Emilia Pérez adıyla bambaşka bir hayata başlar. Ancak geçmişin gölgesi, yeni kimliğinin peşini kolay kolay bırakmaz.

Film, müzikal polisiye türünü cesurca harmanlayarak suç, kimlik ve dönüşüm temalarını işler. Rita ve Emilia’nın yolları, beklenmedik olaylar zinciriyle tekrar kesişirken, her ikisi de geçmişleriyle yüzleşmek zorunda kalır.

Anlatı, dans ve şarkılarla örülü bir atmosferde, narkotik gerilimden melodrama uzanan geniş bir duygu yelpazesi sunar.