Roma İmparatorluğu'nun Yahudiye eyaletinde, çarmıha gerilerek idam edilen Nasıralı İsa'nın cesedi gizemli bir şekilde ortadan kaybolur. Vali Pontius Pilatus, olayın ardındaki gerçeği öğrenmek ve olası bir ayaklanmanın önüne geçmek için sadık yüzbaşısı Clavius'u görevlendirir.

Clavius, kayıp bedeni bulmak ve mantıklı bir açıklama getirmek için titiz bir soruşturma başlatır. Ancak tanıklarla yaptığı görüşmeler ve topladığı kanıtlar, onu beklenmedik bir gerçekle yüzleşmeye zorlar.

Araştırması, inançla şüphe arasında gidip gelen kişisel bir yolculuğa dönüşür. Olaylar ilerledikçe, yüzbaşı kendisini Roma askeri disiplini ile karşı konulmaz bir inanç arasında sıkışmış halde bulur.

Gerçeğin peşindeki bu arayış, yalnızca bir suçun değil, aynı zamanda tarihin en büyük gizemlerinden birinin izini sürer.