1920'lerin Kopenhag'ında ressam Einar Wegener, eşi Gerda ile sakin bir sanatçı hayatı sürer. Gerda'nın bir portre çalışması için kadın kıyafetleri giymesi, Einar'ın yıllardır bastırdığı Lili kimliğini ortaya çıkarır. Bu beklenmedik an, çiftin hem kişisel hem de sanatsal dünyasında derin sarsıntılara yol açar.

Lili'nin varlığı giderek güçlenirken, Gerda eşinin dönüşümüne tanıklık etmek zorunda kalır. Einar'ın içindeki Lili, toplumun katı normlarına ve kendi korkularına rağmen var olma mücadelesi verir. Gerda ise bu süreçte sevgi, kıskançlık ve anlayış arasında gidip gelen karmaşık duygular yaşar.

Lili, kendini tam anlamıyla ifade edebilmek için tıp dünyasının bilinmeyen sularına yelken açar. Tarihe geçen ilk cinsiyet değiştirme operasyonlarından birine cesaret eden Lili, bu zorlu yolculukta hem bedenini hem de ruhunu özgürleştirmeye çalışır. İki sanatçının birbirlerine olan bağlılıkları, bu dönüşüm sürecinde sınanır ve yeniden şekillenir.