On yedi yaşındaki Alex, çocukluk arkadaşı damalı ninja oyuncağıyla yeniden bir araya gelir. Bu kez karşılarında, hapishaneden kaçan tehlikeli suçlu Phillip Eppermint vardır. Şehrin güvenliğini tehdit eden bu kötü adamı durdurmak için ikili, zorlu bir maceraya atılır.

Alex ve ninjası, Eppermintın izini sürmek için karmaşık bir yolculuğa çıkar. Karşılarına çıkan engeller ve sürpriz düşmanlarla mücadele ederken, aralarındaki bağ giderek güçlenir. Her adımda, kaçak suçluyu durdurmak için gereken cesareti ve beceriyi birlikte bulmaya çalışırlar.

Zaman daralırken, Alex ve damalı ninja son bir hamleyle Eppermintla yüzleşir. Geleceği korumak için verdikleri bu mücadele, hem kahramanlıklarını hem de dostluklarını sınayacaktır.