Sekiz yaşındaki Bruno, ailesiyle birlikte Berlin'den Polonya'ya taşınır. Yeni evleri, etrafı dikenli tellerle çevrili tuhaf bir yerdir. Bruno, uzaktan gördüğü çizgili pijamalı insanları anlamlandıramaz ve bu gizem onu derinden etkiler. Bir gün tel örgünün diğer tarafında yaşayan Shmuel adında bir çocukla tanışır. İkisi arasında, her şeye rağmen masum bir arkadaşlık filizlenir.

Bruno, Shmuel'in neden telin öbür tarafında yaşadığını ve neden bu kadar zayıf olduğunu tam olarak kavrayamaz. Her gün buluşup sohbet ederler, oyunlar oynarlar. Bruno, arkadaşının içinde bulunduğu durumun farkında değildir; onun için bu sadece yeni bir macera, yeni bir oyun alanıdır. Bu dostluk, savaşın vahşetini çocuk gözüyle, farkında olmadan sorgular.

Merakına yenik düşen Bruno, bir gün Shmuel'in yaşadığı yeri görmek için tel örgünün altından geçer. Üzerine çizgili bir pijama giyerek arkadaşının dünyasına adım atar. İki çocuğun bu masum keşif yolculuğu, tarihin en karanlık dönemlerinden birinde, insanlığın yüzleştiği büyük trajediyi sessizce ve derinden hissettirir.