Genç Jacob, büyükbabasının ölümünün ardından geride bıraktığı gizemli ipuçlarını takip ederek Galler kıyılarındaki ıssız bir adaya ulaşır. Burada, harabe halindeki bir çocuk yurdu olan Bayan Peregrine’in Evi ile karşılaşır. Ancak binanın içine girdiğinde, buranın sıradan bir terk edilmiş yapı olmadığını fark eder. Geçmişte sıkışıp kalmış bir zaman döngüsünde, her biri olağanüstü yeteneklere sahip tuhaf çocuklar ve onların gizemli koruyucusu Bayan Peregrine ile tanışır.

Jacob, bu çocukların havada süzülmek, ateş yaratmak veya görünmez olmak gibi benzersiz güçlerini keşfettikçe, büyükbabasının anlattığı masalların aslında gerçek olduğunu anlar. Ancak bu saklı dünya, çocukları avlayan korkunç yaratıklar olan Hollowgast’lar ve onların insan formundaki lideri Bay Barron tarafından tehdit edilmektedir. Jacob, kendini birden bu çocukları koruma mücadelesinin içinde bulur.

Zaman döngüleri arasında gidip gelen Jacob, kendi içindeki görünmeyen canavarları görebilme yeteneğini keşfeder. Bu gücüyle hem çocukları kurtarmak hem de büyükbabasının mirasını onurlandırmak zorundadır. Bayan Peregrine ve tuhaf çocuklarla birlikte, geçmişle gelecek arasında sıkışan bu tehlikeli macerada, gerçek bir kahraman olmanın ne demek olduğunu öğrenir.