Gotham Şehri, Shredder ve Ayak Takımı'nın gelişiyle yeni bir tehditle karşı karşıya kalır. Bu kötülük güçleri, Ra's Al Ghul ve Suikastçılar Birliği ile gizli bir ittifak kurarak şehri ele geçirmeyi planlar.

Batman ve Robin, bu beklenmedik istilayı durdurmak için harekete geçer. Maceraya, New York'tan gelen dört mutant ninja kaplumbağa kardeş de dahil olur.

Leonardo, Donatello, Michelangelo ve Raphael, Batman'e katılarak hem teknolojik hem de dövüş becerilerini bu sıra dışı mücadeleye taşır. Ancak Shredder'in planı, Joker, Harley Quinn, Bay Freeze ve Bane gibi Gotham'ın en tehlikeli süper kötülerini de kontrol altına alarak çok daha korkutucu bir hal alır.

Kahramanlar, hem Ayak Takımı hem de hipnoz altındaki kötü güçlerle savaşmak zorunda kalır. Bu kaotik ortamda, beklenmedik ittifaklar ve şaşırtıcı dövüşler yaşanır.

Farklı dünyaların çarpıştığı bu savaş, Gotham'ın kaderini ve kahramanların birbirlerine olan güvenini belirleyecektir.