Batman, beklenmedik bir şekilde kendini Orta Çağ Japonya'sında bulur. Zamanın ve mekanın bilinmeyen güçler tarafından çarpıtıldığı bu dünyada, en tehlikeli düşmanları da onunla birlikte bu tarihi döneme ışınlanmıştır.

Joker, Japonya'nın feodal tarihini kendi lehine yeniden yazmak için acımasız bir plan kurar. Diğer kötüler de onun tarafına geçerek, ülkeyi karanlık bir çağa sürüklemek üzere güçlerini birleştirirler.

Batman, bu yabancı topraklarda samurayların ve ninjaların dünyasına uyum sağlamak zorundadır. Geleneksel silahlar ve taktiklerle, Japonya'nın kaderini korumak için efsanevi savaşçılarla ittifak kurar ve Joker'in ordusuna karşı epik bir mücadeleye girişir.