Gotham şehrini koruma görevi bu kez Batman ve müttefiklerini alışılmadık bir tehditle karşı karşıya bırakır. Şehrin sokaklarında dev mutant yaratıklar ortaya çıkmaya başlar ve bu kaosun arkasında klasik düşmanlar Penguin ile Mr.

Freeze vardır. İkilinin amacı, kontrol ettikleri bu devasa güçlerle Gotham üzerinde hakimiyet kurmaktır.

Batman, bu yeni tehditle başa çıkmak için Green Arrow, Nightwing, Robin ve Red Robin'den oluşan ekibini toplar. Ancak düşmanlar sadece biyolojik canavarlarla sınırlı kalmaz; Penguin'in devasa mekanik savaş makinaları da şehrin geleceğini tehdit etmektedir.

Kahramanlar, hem mutantların yıkıcı gücüne hem de teknolojik mechlere karşı aynı anda mücadele etmek zorunda kalır. Savaş Gotham'ın göbeğine kadar ilerlerken, Batman ve ekibi yaratıcı çözümler ve taktiksel işbirliğiyle bu ikili tehdide karşı koymaya çalışır.

Her iki düşman gücü de kontrol eden kötüleri durdurmak, kahramanların fiziksel yeteneklerinin yanı sıra zekalarını da sonuna kadar kullanmalarını gerektirecektir.