Paddington, sevgili teyzesi Lucyyi ziyaret etmek için Peruya doğru yola çıkar. Emekli Ayılar Evinde kalan Lucyyi görmek isteyen sevimli ayıya Brown Ailesi de eşlik eder. Ancak bu ziyaret, beklenmedik bir gizemin ortaya çıkmasıyla sıradan bir buluşmanın çok ötesine geçer.

Perunun büyüleyici coğrafyasında ilerleyen ekip, kendilerini Amazon yağmur ormanlarının derinliklerinde ve yüksek dağ zirvelerinde bulur. Karşılaştıkları şaşırtıcı olaylar, onları hem Lucynin izini sürmeye hem de hiç beklemedikleri bir maceranın içine çeker.

Yolculuk boyunca birbirlerine kenetlenen Paddington ve Brown Ailesi, dostluğun ve dayanışmanın gücünü yeniden keşfeder. Bu unutulmaz serüven, her biri için kalıcı izler bırakan bir deneyime dönüşür.