Callum Lynch, genetik hafızasında saklı bir sırrın farkında olmadan yaşamını sürdürmektedir. Animus adlı bir cihaz sayesinde, atalarının anılarına erişim sağlar ve 15.

yüzyıl İspanya'sında yaşamış olan suikastçi Aguilar'ın deneyimlerini kendi gözleriyle görür. Bu süreçte, Aguilar'ın Tapınakçılara karşı verdiği mücadeleyi birebir yaşar ve kendi geçmişine dair şok edici gerçeklerle yüzleşir.

Geçmişin bu canlı yolculuğu, Callum'un gerçek kimliğini ortaya çıkarır. Kökleri, özgür iradeyi savunan kadim bir örgüt olan Suikastçılara dayanmaktadır.

Aguilar'ın yetenekleri ve bilgisi, Callum'un bedeninde ve zihninde yeniden hayat bulur. Artık hem geçmişin hem de bugünün tehlikeleri arasında sıkışmış durumdadır.

Günümüzde, Tapınakçıların gücü hâlâ çok büyüktür ve Callum onlarla yüzleşmek zorundadır. Aguilar'ın mirası, bu modern savaşta onun en büyük silahı olacaktır.

Geçmişten gelen becerilerini kullanarak, hem kendi kaderini hem de dünyanın geleceğini belirleyecek bir mücadelenin içine sürüklenir.