On yaşındaki Arthur, dört yıl önce gizemli bir şekilde ortadan kaybolan dedesinin ardında bıraktığı not defterinin peşine düşer. Bu defterde, Afrika kabilelerine ait hikayeler ve minik bir ırk olan Minimoylar'ın fantastik dünyası anlatılmaktadır.

Arthur, bu hikayelerin gerçek olup olamayacağını sorgularken, kendini inanılmaz bir maceranın eşiğinde bulur. Dedesinin bıraktığı ipuçlarını takip eden Arthur, Minimoylar'ın gizli krallığına ulaşır.

Burada, çalınan bir hazineyi üç gün içinde bulmak için zamana karşı bir yarış başlar. Yolculuğu onu, kötü bir büyücüye karşı mücadeleye, sivrisinek sırtındaki savaşçılarla yüzleşmeye ve cesur bir prensesle tanışmaya götürür.

Tüm bu engellere rağmen Arthur, en küçük kahramanların bile büyük farklar yaratabileceğine dair sarsılmaz bir inanca sahiptir. Bu inançla, hem gerçek dünyasındaki sorunları çözmek hem de Minimoy diyarının kaderini değiştirmek için olağanüstü bir yolculuğa çıkar.