Nazi Almanyası’nın Çekoslovakya’yı işgali altında, iki Çek direniş savaşçısı gizli bir görevle ülkelerine geri döner. Kod adı Anthropoid olan bu operasyonun tek amacı, Reich’ın üçüncü adamı ve Prag’ın acımasız valisi SS Generali Reinhard Heydrich’i öldürmektir. Heydrich, Yahudi Soykırımı’nın planlayıcılarından biri olarak tarihe geçmiş bir figürdür.

İki asker, yerel direnişle bağlantı kurarak suikast planını aylarca titizlikle hazırlar. Sürekli yakalanma tehdidi altında yaşarken, sıradan vatandaşların yardımıyla zorlu bir mücadeleye girişirler. Plan, Heydrich’in günlük rotasında pusu kurarak gerçekleştirilecektir.

Heydrich’in aracına yapılan saldırı, beklenmedik aksaklıklarla dolu olsa da hedefine ulaşır. Ancak suikast, Nazi yönetiminden çok daha büyük ve acımasız bir intikamla karşılık bulur. Çek direnişçiler, bu operasyonun tetiklediği olaylar silsilesi içinde hayatta kalmak ve görevlerini tamamlamak için son nefeslerine kadar savaşmak zorunda kalır.