On yedi yaşındaki Alice Kingsleigh, kendisi için düzenlenen bir tanıtım partisinde sıkışmış hissederken beyaz bir tavşan görür ve onu takip eder. Tavşanın peşinden giden Alice, kendini bambaşka bir diyarda, tuhaf ve büyüleyici kuralları olan Harikalar Diyarında bulur. Burada, hayal gücünün sınırlarında bir zamanlar tanıştığı renkli karakterlerle yeniden bir araya gelir.

Alice, bu fantastik dünyanın artık zalim Kırmızı Kraliçenin baskıcı yönetimi altında olduğunu fark eder. Kraliçe, diyarı korku ve zorbalıkla yönetmekte, halkını acımasızca ezip sömürmektedir. Alicee anlatılan kadim bir kehanete göre, Harikalar Diyarını bu zulümden kurtaracak kişi odur.

Bu sıra dışı dünyada Cheshire Kedisi, Şapkacı ve Mart Tavşanı gibi unutulmaz dostlar edinen Alice, kehaneti gerçekleştirmek ve adaleti sağlamak için cesurca mücadele etmeye karar verir. Geçmişle gelecek arasında gidip gelen bu yolculukta, kendi gücünü keşfederken Harikalar Diyarının kaderini değiştirecek bir görevin tam merkezinde bulur kendini.