M.S. 4. yüzyılda İskenderiye, bilim ve felsefenin merkezi olan İskenderiye Kütüphanesi’nin gölgesinde yaşamaktadır. Ünlü filozof ve astronom Hypatia, babası Theon’un yönetimindeki bu kütüphanede dersler verirken, bir yandan da evrenin sırlarını çözmeye çalışır. Ancak şehir, Hristiyanlığın yükselişiyle birlikte dini çatışmaların odağı haline gelir; pagan inançları ve Yahudi toplumu arasındaki gerilim giderek tırmanır.

Dini fanatizm kontrolden çıktığında, Hristiyan gruplar pagan tapınaklarını yıkmaya ve bilginin sembolü olan Serapeum Kütüphanesi’ni ateşe vermeye başlar. Hypatia, tüm bu kaosa rağmen Dünya’nın Güneş etrafındaki hareketine dair devrim niteliğinde teoriler geliştirir. Eliptik yörünge fikrine yaklaşan çalışmaları, dönemin bilim anlayışının çok ötesindedir ve onu çağının ilerisinde bir düşünür yapar.

Hristiyan lider Cyril’in Hypatia’yı tehlikeli ilan etmesiyle durum kötüleşir. Eski öğrencisi Orestes’in koruma çabaları yetersiz kalır ve Parabolani adlı fanatik grup, bilginin peşindeki bu kadını acımasızca katleder. Hypatia’nın taşlanarak öldürülüşü, aklın ve bilimin, bağnazlık karşısında aldığı ağır yenilgiyi gözler önüne serer.